使用微生物肥料在促进根系发育、延长叶片功能期、增强光合作用效率等方面有显著作用，并能明显改善棉花，蔬菜等品质。
微生物菌肥可使葡萄提早10-15天以上成熟,可使春天大田茄子提早10天左右上市,可使番茄的自然成熟期与对照组抹催红剂的成熟期相同或提前。
首先是抗旱，鉴于其根系发达，增加吸水肥的面积，同等条件下可耐干旱一周以上。二是抗寒,在果树发芽一个月前涂杆可提早3-5天发芽,鉴于含有抗逆因子,在扬花期可抗轻度的寒流袭.三是耐热,在高气温过程中能保证植物正常生长,最后是对于盐碱地种植作物可以显著提高作物的抗盐碱能力。还可以减轻苗期立枯、猝倒、红腐等病菌的侵害，而且植株肥壮、生长迅速。
微生物菌肥能普遍增加各种植物根系的质量达35%以上，有甚至成倍增加。微生物肥料中含有解磷解钾菌，能有效分解土壤中植物不能直接利用的氮、磷、钾元素供作物吸收，不断供给作物生长所需的养分。
微生物肥料能增加土层的团粒结构和透气性，提高土层的含氧量和蓄水量，改善作物根际环境。微生物肥料作基肥或菌液灌根，可使板结的土壤变疏松，从而促进了植物单产的不断提高和可持续发展。
灌根后有益微生物的迅速繁殖抑制了有害菌的发展，促进作物生长，提高作物的抗病能力；破坏了地下虫卵的生存条件，致使无法成虫。同时对因连作（重茬）引起的生理病害有预防和调节作用。
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