种子在土壤中生根发芽后，施入土壤的活体有益微生物就在作物根的周围大量繁殖，形成了一个旺盛的微生物活动区，这些活动微生物不仅改变了土壤性状也促进了作物的生长发育进程。
改善土壤结构，提高土壤肥力。微生物肥中的一些根瘤菌、固氮菌，可以把空气中的氮气转化成植物可吸收的氮素养分，增加土壤中的氮素来源，多种溶磷、解钾菌可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能够吸收利用的速效磷、钾化合物，使作物生长环境中的营养元素供应增加。一些微生物肥料的应用还增加了土壤中的有机质，促进土壤团粒结构的生成，提高土壤肥力。长期使用微生物肥，可使原来比较板结的土质变得更加松软、透气，而且保水、保肥性能也有了提高。
