土地长期、大量使用化肥、农业已造成土地板结、酸化、地力衰竭、土壤污染等多种危害，严重威胁到了粮食安全和食品安全。
土壤中的有机质能显著改善土壤的理化性状，使土壤耕性变好，渗水能力增强，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防涝能力，增产明显，这是化肥不能替代的。
在现代可持续农业种植中，合理施用有机肥对于实现高产优质和可持续发展都有很好的作用。
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“解毒”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。
微生物在土壤中的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
五谷农邦微生物菌肥中的微生物，在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。
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