不同样本保存液的成本及性能对比分析
随着疫情的逐步发展,核酸检测也是百花齐放,门槛越来越低,各种产品参差不齐,价格也是有高有低,那么这些产品在性能方面有那些差别呢?是否只是存在价格上的差异,有些产品甚至性能还不如单纯的PBS(磷酸盐缓冲液)?到底异硫氰酸胍和盐酸胍存在哪些区别?

下面,我们就产品原料成分、灭活效果及样本保存效果等几方面来做详细说明。
1、原料成分
灭活型样本保存液主要成分有缓冲液、表面活性剂、胍盐、稳定剂和络合剂以及PH调节剂等成分组成。
缓冲液的作用是稳定PH值;表面活性剂和胍盐是蛋白变性剂,有着各自不同的作用;胍盐具有的光和热的不稳定性,稳定剂是必不可少的;络合剂可以络合金属离子,避免金属离子对PCR荧光扩增的干扰;PH调节剂作为调整PH值的主要成分,作用也是至关重要的。
不同PH值颜色差异,与其他物质及含量无关
缓冲液和PH调节剂可以让保存液稳定在一个弱酸或者弱碱的范围,这个时候保存液是黄色或者橙红色,采样拭子浸泡后,随着拭子上酸性胶的溶解,采样后的试管内保存液呈黄色,偏酸性。为什么保存样本的保存液要呈弱酸性呢?因为病毒的核酸是RNA,单螺旋结构,在弱酸性条件下更稳定,对应的,DNA为双螺旋结构,在弱碱性条件下更稳定。
市场上,我们看到很多保存液呈粉紫色,其PH值在8.5以上,采样后仍呈粉红色,说明PH偏高,是非常不利于病毒核酸样本保存的。
胍盐作为一种强蛋白变性剂,是裂解的主要成分,高浓度的胍盐能够抑制Rnase的活性,是防止核酸降解的主要成分,这也是我们一贯强调胍盐浓度的主要原因。那么盐酸胍和异硫氰酸胍有什么区别呢?通常认为,盐酸胍和尿素等蛋白变性剂对蛋白变性的可能是可逆的,盐酸胍对疏水氨基酸残基的增溶作用。因为盐酸胍具有形成氢键的能力,盐酸胍在高浓度(4~8mol/L)水溶液时,可以破坏水的氢键结构,盐酸胍就成为非极性残基的较好溶剂,使之蛋白质分子内部的疏水残基伸展和溶解性增加,从而使蛋白质发生不同程度的变性。在蛋白变性速度上,盐酸胍是明显慢于异硫氰酸胍的,另外,盐酸胍的稳定性也差很多,因此,盐酸胍产品的有效期会短很多,这在大面积的核酸筛查中不明显,一旦库存放置时间较久,产品性能就会出现大幅度下降,甚至不符合要求。
表面活性剂的变性效果表现在溶解膜蛋白、破裂细胞、释放核酸,还具有一定的去污、助溶能力等方面。因此,没有表面活性剂的无泡产品,不仅核酸释放率会较低,还会存在灭活速度慢,灭活不彻底等情况。病毒样本存在传染性的可能。
稳定剂成本较高,但是可以有效的保持胍盐的稳定性,因此也是必不可少的成分。
目前市场上的绝大部分低价产品,主要通过降低胍盐含量、用盐酸胍替代异硫氰酸胍、不添加稳定剂等方法来降低成本。
2、灭活效果
我们通过对市场上两款低价产品(售价在10元/L左右的产品)及尚飞生物的灭活型保存液进行灭活性能比较。通过电镜成像法及慢病毒转导试验进行测试。在两种测定中,PBS溶液均用作病毒样品保存溶液的参考对应物。结果如下:

结果显示,10分钟后,两款低价产品均可观察到病毒颗粒,与PBS溶液效果相差不大,病毒未能完全灭活。而尚飞生物的保存液内无法观察到完整的病毒颗粒,病毒被完全灭活。
通过慢病毒培养,结果如下:

室温保存10分钟后,慢病毒被完全灭活,GFP表达实验中无法观察到病毒的转染活性。
3、样本保存效果
将定量的流感病毒分别加入PBS缓冲液对照组,及三种不同的样本保存液内共计4组8支试管,PBS立刻进行核酸提取并做荧光PCR扩增,其余三组6支试管在低温2-8℃放置72小时后,然后对样本进行核酸提取并做荧光PCR扩增,具体数据如下:
生产商 |
编号 |
核酸浓度 (ng/uL) |
A260/A280 |
A260/A230 |
A260 |
A280 |
Ct值 |
PBS 对照组 |
样品管1 |
11.7 |
1.90 |
0.74 |
0.29 |
0.15 |
26.60 |
10.1 |
1.96 |
0.74 |
0.25 |
0.13 |
26.72 |
||
mean |
10.9 |
1.93 |
0.74 |
0.27 |
0.14 |
26.66 |
|
样品管2 |
11.4 |
2.01 |
1.28 |
0.29 |
0.14 |
25.94 |
|
11.9 |
1.82 |
0.90 |
0.30 |
0.16 |
25.90 |
||
mean |
11.7 |
1.92 |
1.09 |
0.29 |
0.15 |
25.92 |
|
尚飞生物 |
样品管1 |
12.1 |
1.83 |
1.12 |
0.30 |
0.17 |
25.76 |
11.9 |
1.80 |
1.08 |
0.30 |
0.17 |
25.73 |
||
mean |
12.0 |
1.82 |
1.10 |
0.30 |
0.17 |
25.74 |
|
样品管2 |
10.4 |
1.93 |
1.17 |
0.26 |
0.13 |
26.89 |
|
10.8 |
1.92 |
1.16 |
0.27 |
0.14 |
26.70 |
||
mean |
10.6 |
1.93 |
1.17 |
0.26 |
0.14 |
26.79 |
|
其他厂家 |
样品管1 |
12.9 |
1.92 |
0.71 |
0.32 |
0.17 |
29.81 |
10.4 |
2.00 |
1.37 |
0.26 |
0.13 |
29.85 |
||
mean |
11.7 |
1.96 |
1.04 |
0.29 |
0.15 |
29.83 |
|
样品管2 |
10.2 |
2.00 |
1.56 |
0.26 |
0.13 |
28.72 |
|
10.4 |
2.07 |
1.50 |
0.26 |
0.13 |
28.98 |
||
mean |
10.3 |
2.04 |
1.53 |
0.26 |
0.13 |
28.85 |
|
其他厂家 |
样品管1 |
9.8 |
1.92 |
0.85 |
0.28 |
0.15 |
28.52 |
12.5 |
2.03 |
0.74 |
0.26 |
0.16 |
27.63 |
||
mean |
11.2 |
1.98 |
0.80 |
0.27 |
0.16 |
28.08 |
|
样品管2 |
12.1 |
1.86 |
0.91 |
0.31 |
0.14 |
29.54 |
|
11.5 |
1.85 |
0.68 |
0.29 |
0.18 |
29.71 |
||
mean |
11.8 |
1.86 |
0.80 |
0.30 |
0.16 |
29.63 |
三种样本保存液在低温保存72小时后,均可进行PCR扩增,并能进行判定,CT值差异不大,说明在低温下,核酸片段保存完整,出现核酸降解的幅度不大。
为了进一步凸显差距,我们将四组样本在室温25℃存放48小时后对样本进行核酸提取及荧光PCR扩增,具体数据如下:
生产商 |
编号 |
核酸浓度 (ng/uL) |
A260/A280 |
A260/A230 |
A260 |
A280 |
Ct值 |
PBS 对照组 |
样品管1 |
8.5 |
1.86 |
0.54 |
0.22 |
0.11 |
32.15 |
7.5 |
1.75 |
0.66 |
0.23 |
0.10 |
31.19 |
||
mean |
8.0 |
1.81 |
0.60 |
0.23 |
0.11 |
31.67 |
|
样品管2 |
9.1 |
1.61 |
0.45 |
0.24 |
0.12 |
34.51 |
|
8.4 |
1.50 |
0.68 |
0.30 |
0.11 |
33.18 |
||
mean |
8.8 |
1.56 |
0.57 |
0.27 |
0.12 |
33.85 |
|
尚飞生物 |
样品管1 |
11.5 |
2.05 |
1.21 |
0.28 |
0.16 |
26.76 |
11.8 |
2.13 |
1.04 |
0.30 |
0.17 |
26.73 |
||
mean |
11.7 |
2.09 |
1.13 |
0.29 |
0.17 |
26.74 |
|
样品管2 |
11.2 |
2.11 |
1.12 |
0.26 |
0.12 |
26.89 |
|
10.6 |
1.91 |
1.12 |
0.28 |
0.18 |
26.70 |
||
mean |
10.9 |
2.01 |
1.12 |
0.27 |
0.15 |
26.79 |
|
其他厂家 |
样品管1 |
8.1 |
1.87 |
1.22 |
0.12 |
0.10 |
34.25 |
8.5 |
2.13 |
1.14 |
0.22 |
0.12 |
33.18 |
||
mean |
8.3 |
2.00 |
1.18 |
0.17 |
0.11 |
33.72 |
|
样品管2 |
8.2 |
1.95 |
1.01 |
0.18 |
0.14 |
33.11 |
|
9.1 |
2.10 |
1.12 |
0.15 |
0.10 |
34.14 |
||
mean |
8.7 |
2.03 |
1.07 |
0.17 |
0.12 |
33.63 |
|
其他厂家 |
样品管1 |
7.6 |
1.91 |
0.99 |
0.16 |
0.12 |
32.05 |
8.5 |
1.93 |
0.87 |
0.16 |
0.15 |
31.08 |
||
mean |
8.1 |
1.92 |
0.93 |
0.16 |
0.14 |
31.57 |
|
样品管2 |
10.2 |
1.96 |
0.95 |
0.25 |
0.12 |
32.18 |
|
8.6 |
1.90 |
0.75 |
0.13 |
0.10 |
30.08 |
||
mean |
9.4 |
1.93 |
0.85 |
0.19 |
0.11 |
31.13 |
结论:PBS及其余两种保存液均出现核酸降解,这是核酸酶没有被完全抑制住活性或者金属离子存在的原因。如果不考虑灭活性能,PBS溶液亦能满足要求,三种保存液在目前检测模式下虽有一定差距,但是都能进行结果判定。
随着保存条件的变化,两款低价产品核酸降解速度明显更快,样本保存效果较差。

