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不同样本保存液的成本及性能对比分析

不同样本保存液的成本及性能对比分析 尚飞生物
2022-07-31
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导读:不同样本保存液的成本及性能对比分析随着疫情的逐步发展,核酸检测也是百花齐放,门槛越来越低,各种产品参差不齐

 


不同样本保存液的成本及性能对比分析

随着疫情的逐步发展,核酸检测也是百花齐放,门槛越来越低,各种产品参差不齐,价格也是有高有低,那么这些产品在性能方面有那些差别呢?是否只是存在价格上的差异,有些产品甚至性能还不如单纯的PBS(磷酸盐缓冲液)?到底异硫氰酸胍和盐酸胍存在哪些区别?





下面,我们就产品原料成分、灭活效果及样本保存效果等几方面来做详细说明。

1、原料成分

灭活型样本保存液主要成分有缓冲液、表面活性剂、胍盐、稳定剂和络合剂以及PH调节剂等成分组成。

缓冲液的作用是稳定PH值;表面活性剂和胍盐是蛋白变性剂,有着各自不同的作用;胍盐具有的光和热的不稳定性,稳定剂是必不可少的;络合剂可以络合金属离子,避免金属离子对PCR荧光扩增的干扰;PH调节剂作为调整PH值的主要成分,作用也是至关重要的。

不同PH值颜色差异,与其他物质及含量无关

缓冲液和PH调节剂可以让保存液稳定在一个弱酸或者弱碱的范围,这个时候保存液是黄色或者橙红色,采样拭子浸泡后,随着拭子上酸性胶的溶解,采样后的试管内保存液呈黄色,偏酸性。为什么保存样本的保存液要呈弱酸性呢?因为病毒的核酸是RNA,单螺旋结构,在弱酸性条件下更稳定,对应的,DNA为双螺旋结构,在弱碱性条件下更稳定。

市场上,我们看到很多保存液呈粉紫色,其PH值在8.5以上,采样后仍呈粉红色,说明PH偏高,是非常不利于病毒核酸样本保存的。

胍盐作为一种强蛋白变性剂,是裂解的主要成分,高浓度的胍盐能够抑制Rnase的活性,是防止核酸降解的主要成分,这也是我们一贯强调胍盐浓度的主要原因。那么盐酸胍和异硫氰酸胍有什么区别呢?通常认为,盐酸胍和尿素等蛋白变性剂对蛋白变性的可能是可逆的,盐酸胍对疏水氨基酸残基的增溶作用。因为盐酸胍具有形成氢键的能力,盐酸胍在高浓度(4~8mol/L)水溶液时,可以破坏水的氢键结构,盐酸胍就成为非极性残基的较好溶剂,使之蛋白质分子内部的疏水残基伸展和溶解性增加,从而使蛋白质发生不同程度的变性。在蛋白变性速度上,盐酸胍是明显慢于异硫氰酸胍的,另外,盐酸胍的稳定性也差很多,因此,盐酸胍产品的有效期会短很多,这在大面积的核酸筛查中不明显,一旦库存放置时间较久,产品性能就会出现大幅度下降,甚至不符合要求。


表面活性剂的变性效果表现在溶解膜蛋白、破裂细胞、释放核酸,还具有一定的去污、助溶能力等方面。因此,没有表面活性剂的无泡产品,不仅核酸释放率会较低,还会存在灭活速度慢,灭活不彻底等情况。病毒样本存在传染性的可能。

稳定剂成本较高,但是可以有效的保持胍盐的稳定性,因此也是必不可少的成分。

目前市场上的绝大部分低价产品,主要通过降低胍盐含量、用盐酸胍替代异硫氰酸胍、不添加稳定剂等方法来降低成本。


2、灭活效果


我们通过对市场上两款低价产品(售价在10/L左右的产品)及尚飞生物的灭活型保存液进行灭活性能比较。通过电镜成像法及慢病毒转导试验进行测试。在两种测定中,PBS溶液均用作病毒样品保存溶液的参考对应物。结果如下:







结果显示,10分钟后,两款低价产品均可观察到病毒颗粒,与PBS溶液效果相差不大,病毒未能完全灭活。而尚飞生物的保存液内无法观察到完整的病毒颗粒,病毒被完全灭活。

通过慢病毒培养,结果如下:

 






室温保存10分钟后,慢病毒被完全灭活,GFP表达实验中无法观察到病毒的转染活性。


3、样本保存效果

将定量的流感病毒分别加入PBS缓冲液对照组,及三种不同的样本保存液内共计48支试管,PBS立刻进行核酸提取并做荧光PCR扩增,其余三组6支试管在低温2-8℃放置72小时后,然后对样本进行核酸提取并做荧光PCR扩增,具体数据如下:


生产商

编号

核酸浓度 (ng/uL)

A260/A280

A260/A230

A260

A280

Ct
 
(监控体系)

PBS

对照组

样品管1

11.7

1.90

0.74

0.29

0.15

26.60

10.1

1.96

0.74

0.25

0.13

26.72

mean

10.9

1.93

0.74

0.27

0.14

26.66

样品管2

11.4

2.01

1.28

0.29

0.14

25.94

11.9

1.82

0.90

0.30

0.16

25.90

mean

11.7

1.92

1.09

0.29

0.15

25.92

尚飞生物

样品管1

12.1

1.83

1.12

0.30

0.17

25.76

11.9

1.80

1.08

0.30

0.17

25.73

mean

12.0

1.82

1.10

0.30

0.17

25.74

样品管2

10.4

1.93

1.17

0.26

0.13

26.89

10.8

1.92

1.16

0.27

0.14

26.70

mean

10.6

1.93

1.17

0.26

0.14

26.79

其他厂家

样品管1

12.9

1.92

0.71

0.32

0.17

29.81

10.4

2.00

1.37

0.26

0.13

29.85

mean

11.7

1.96

1.04

0.29

0.15

29.83

样品管2

10.2

2.00

1.56

0.26

0.13

28.72

10.4

2.07

1.50

0.26

0.13

28.98

mean

10.3

2.04

1.53

0.26

0.13

28.85

其他厂家

样品管1

9.8

1.92

0.85

0.28

0.15

28.52

12.5

2.03

0.74

0.26

0.16

27.63

mean

11.2

1.98

0.80

0.27

0.16

28.08

样品管2

12.1

1.86

0.91

0.31

0.14

29.54

11.5

1.85

0.68

0.29

0.18

29.71

mean

11.8

1.86

0.80

0.30

0.16

29.63


三种样本保存液在低温保存72小时后,均可进行PCR扩增,并能进行判定,CT值差异不大,说明在低温下,核酸片段保存完整,出现核酸降解的幅度不大。

 


为了进一步凸显差距,我们将四组样本在室温25℃存放48小时后对样本进行核酸提取及荧光PCR扩增,具体数据如下:

生产商

编号

核酸浓度 (ng/uL)

A260/A280

A260/A230

A260

A280

Ct
 
(监控体系)

PBS

对照组

样品管1

8.5

1.86

0.54

0.22

0.11

32.15

7.5

1.75

0.66

0.23

0.10

31.19

mean

8.0

1.81

0.60

0.23

0.11

31.67

样品管2

9.1

1.61

0.45

0.24

0.12

34.51

8.4

1.50

0.68

0.30

0.11

33.18

mean

8.8

1.56

0.57

0.27

0.12

33.85

尚飞生物

样品管1

11.5

2.05

1.21

0.28

0.16

26.76

11.8

2.13

1.04

0.30

0.17

26.73

mean

11.7

2.09

1.13

0.29

0.17

26.74

样品管2

11.2

2.11

1.12

0.26

0.12

26.89

10.6

1.91

1.12

0.28

0.18

26.70

mean

10.9

2.01

1.12

0.27

0.15

26.79

其他厂家

样品管1

8.1

1.87

1.22

0.12

0.10

34.25

8.5

2.13

1.14

0.22

0.12

33.18

mean

8.3

2.00

1.18

0.17

0.11

33.72

样品管2

8.2

1.95

1.01

0.18

0.14

33.11

9.1

2.10

1.12

0.15

0.10

34.14

mean

8.7

2.03

1.07

0.17

0.12

33.63

其他厂家

样品管1

7.6

1.91

0.99

0.16

0.12

32.05

8.5

1.93

0.87

0.16

0.15

31.08

mean

8.1

1.92

0.93

0.16

0.14

31.57

样品管2

10.2

1.96

0.95

0.25

0.12

32.18

8.6

1.90

0.75

0.13

0.10

30.08

mean

9.4

1.93

0.85

0.19

0.11

31.13


结论:PBS及其余两种保存液均出现核酸降解,这是核酸酶没有被完全抑制住活性或者金属离子存在的原因。如果不考虑灭活性能,PBS溶液亦能满足要求,三种保存液在目前检测模式下虽有一定差距,但是都能进行结果判定。

随着保存条件的变化,两款低价产品核酸降解速度明显更快,样本保存效果较差。


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