一、总体
PE尽职调查以公司管理层不变为前提；并购尽职调查以公司管理层（很多都是大股东）发生变化为前提。
PE尽职调查只需确认行业发展前景良好，公司在现有管理层领导下经营状况良好就可；并购尽职调查不但要确认公司所在行业发展状况良好，还要找到企业生存及发展的根本原因，确保未来因并购导致管理层变动而不会影响公司盈利情况。
PE尽职调查时需要公司管理团队是否优秀，公司在管理层的领导下在公司管理上还有哪些方面需要提高（通过提高管理进而提高公司盈利能力）；并购尽职调查需要评估公司管理团队对公司盈利情况的作用及影响。
PE尽职调查时侧重研究公司现行战略是否合适；并购尽职调查需要挖掘公司发展潜质，考虑被并购公司所有可能的发展方向，以满足并购公司的战略所需并购尽职调查要带着后续整合的思想和眼光来进行尽职调查，尽职调查重点偏重整合可能遇到的事项和问题；PE只需考虑公司现在经营情况就可，不需要考虑后续整合问题。
PE尽职调查只要确认员工工资及社保依法缴纳就可；并购尽职调查还需要关注如因并购导致公司裁员，公司应当为员工提供的补偿及裁员的可实施性问题。
PE尽职调查不太需要关注公司企业文化事宜，并购尽职调查需要了解并深入研究公司的企业文化，以确保后续能找到与其企业文化能融合的并购企业。
PE尽职调查以管理层稳定为前提，并购尽职调查需要清楚公司哪些部门哪些人员存在调整和裁剪的可能（或者找到哪些部门哪些人员需要被裁剪或调整的理由）。
并购尽职调查会关注比PE尽职调查更关注公司的净值产，因被并购企业认为最坏的结果解释整合不成把公司优质资产直接出售了。
二、各重要板块
1.研发
PE尽职调查侧重公司研发和生产是否能保持公司持续获利能力，并购尽职调查除关注上述问题外，还关注公司有值钱的研发可作为知识产权出售。
2.法律风险
PE尽职调查公司是否存在影响其后续生产经营的重大法律风险；并购尽职调查更多集中在设立及股权变更中是否存在权利瑕疵，当然，对经营性风险也要予以关注。
3.知识产权
PE尽职调查侧重公司研发和生产是否能保持公司持续获利能力，并购尽职调查除关注上述问题外，还关注公司知识产权是否有值钱的知识产权可供出售。
4.公司管理层
PE投资以管理层不变为前提，投资有时也是投公司管理层的人品和经营能力，故会关注以上两点；并购后管理层变动可能性非常大，故在关注现行管理层经营能力的情况下，也要关注公司股权变动对公司管理层的影响、公司管理层对公司经营的影响及股权变更后哪些管理者要调整等问题。
5.公司管理
PE尽职调查主要关注公司整体管理水平如何，原则上PE喜欢找到公司管理的好的的项目进行投资；并购尽职调查不会刻意追求公司管理水平高，甚至有些时候希望找到公司管理水平较差但其他方面极具有价值的企业（通过提升管理水平来提升公司价值），同时并购尽职调查中会关注公司管理所存在的问题，为后续并购后整合及价值提升做基础调研。