引起成年反刍动物感染性肠炎的病原有细菌、病毒和寄生虫。感染性肠炎最常见的临床症状为腹泻。研究表明，溶菌酶作为天然抗菌物质，可以作为抗生素替代物治疗动物腹泻。
研究表明，健康动物体内的菌群是相对稳定的，个体菌群的差异性影响着个体生长性能的差异。溶菌酶可对肠道微生物进行直接或间接调控作用。对肠道微生物进行直接调控作用是降低肠道内有害微生物，促进有益微生物的生长繁殖，维护肠道菌群有效的动态平衡，降低机体维持和免疫应答对营养的需求；对肠道微生物的间接调控作用是降低免疫应答和亚临床疾病的发生，减少肠道的维持需要，降低霉菌毒素、氨、甲酚等有害物质对于机体免疫系统的损害，从而改善畜禽的生产性能。
肠道微生物群对宿主健康具有重要作用。与宿主的免疫、代谢、消化、吸收和对疾病的易感性都密切相关。瘤胃中发酵产生的微生物在皱胃中被溶菌酶分解，以暴露前胃发酵形成的菌体蛋白，这些被分解的菌体蛋白在肠道内被吸收。在反刍动物中，防御性溶菌酶已转化为消化酶，以消化复胃中通过发酵产生的微生物蛋白，并将菌体蛋白作为营养提供给反刍动物。重组牦牛溶菌酶可改变肠道微生物菌群，进一步改善动物胃肠道健康。西南民族大学江明锋团队在3种青藏高原反刍动物胃溶菌酶催化性能的比较研究中表明，重组牦牛胃溶菌酶（rysLYZ）比鸡和人溶菌酶更能抵抗胰蛋白酶失活，牛、牦牛和绵羊分别保留了其初始溶菌酶活性的29%、59%和96%，鸡和人的溶菌酶分别保留了初始活性的7%和6%。这些数据都证实了反刍动物溶菌酶比鸡和人溶菌酶更能抵抗胰蛋白酶失活。与普通溶菌酶相比，反刍动物胃溶菌酶的这一特性使得其更具有代替抗生素治疗家畜细菌性腹泻的潜力。
仔猪腹泻是一种典型的多因素性疾病。研究表明溶菌酶可以增强巨噬细胞的吞噬能力，从而增强机体抵抗力，对大肠杆菌和轮状病毒引起的仔猪腹泻具有较强的抑制作用。Huang等研究发现溶菌酶能够改变仔猪肠道乳酸菌的丰度，提高对产毒性大肠杆菌的抵抗力，Maga等将溶菌酶（0.027%）添加于仔猪饲料中，也发现其能够显著增加仔猪粪便中乳酸杆菌和双歧杆菌的数量。朱军英等研究发现在仔猪日粮中添加2%的溶菌酶，其所产仔猪的腹泻率比对照组降低了85.2%。田宝国等研究发现，饲料中添加0.03%溶菌酶能够显著降低仔猪腹泻率（2.6%）,邵春荣等也得出相似结论。沈彦萍等将溶菌酶（4 g/L）与传统药物（强力霉素5mg/kg）同时对自然发病的腹泻仔猪进行治疗，结果发现溶菌酶组对仔猪腹泻治愈率明显强于药物对照组，刁凤研究也发现溶菌酶可以持续预防仔猪的腹泻，并且对已经患病的仔猪的治愈率高达80%左右。上述研究表明溶菌酶具有显著降低仔猪腹泻发病率的作用，可以替代传统抗菌药。
溶菌酶用于防治胃肠炎、消化不良等疾病。邵春荣等经饲喂肉仔鸡、犊牛、仔猪等证明，溶菌酶可用于防治畜禽肠胃炎、消化不良及化脓性过程，另外还可起到非专用性生长激素的作用。
在不用任何抗生素情况下，在肉鸡饲料中添加饲用溶菌酶，可促进鸡体健康，提高增重和饲料报酬，减少死亡。邵春荣等用自制的饲用溶菌酶制剂作为饲料添加剂，对175羽肉用仔鸡进行了饲养对比试验，结果显示：在不用任何抗生素的情况下，添加4～100mg/kg的饲用溶菌酶制剂，试验组平均增重比对照组提高2～2.8％，饲料消耗量降低2.1～5.2％，存活率提高14～17％，饲料报酬提高5.0～8.8％，饲喂效果明显。
曹江山等采用添加了溶菌酶的饲用酶制剂饲喂同一鸡舍的蛋鸡，试验表明，产蛋数增加7.04％，蛋重增加7.06％，产蛋率提高5.76％，饲料转化率提高6.69％，比对照组增加收入0.46元。
安佰特大量的养殖户实践案例也表明，添加发酵偶合溶菌酶（抗菌宝CLZ）的日粮可促食欲，提高采食量，具有加强瘤胃机能，提高饲料效率，预防前胃驰缓、食滞、急性膨胀、下痢等综合效果。
