发生倒藻的原因有三个方面：一、低压闷热天、南转北风天、暴雨、寒潮等恶劣气候，使生物失衡。二、人为管理不当，包括施肥补肥时机把握不好，换添水量过大，时间不对，换添水后没有及时保肥，消毒药用量的时间不妥。三、水中原生动物摄食藻类，原生动物大量繁殖抑制藻类生长，会使藻类倒藻落清。
藻类老化导致藻类突然死亡，池水透明度过大，引起底栖青苔滋生，青苔光合作用较强，大量吸收水中营养盐，限制了浮游藻类的生长，引起有害菌大量繁殖，水体溶氧急剧下降，氨氮，亚硝酸盐过高，而且池水清澈见底，不利于鱼虾的栖息，会导致鱼虾藻类毒素中毒、缺氧、发病、死亡等。
倒藻程度有轻有重，表现出水色变清、变红、浑浊等情况，有益藻类大量死亡，有时部分藻类大量繁殖。表现出池塘pH降低、养殖对象出现浮头症状、水质指标上升、池塘下风口有粘状物等情况。藻类死亡后光合作用大大减弱，水体溶氧低、藻类死后产生藻毒素，这些会危及养殖对象的安全。
水体倒藻的预防措施
①高温季节应保持每天加小量水（一定要早上添加）。
②经常补充少量的肥：丰虾多肽2斤/亩+氨基酸钙肥5亩/瓶。
③定期补充微量元素，特别是高温季节最容易缺少微量元素。如黑金刚2亩/包、钙磷合剂2亩/包、聚能钙2亩/瓶。
④多开增氧机搅动池水，预防池水分层。
⑤定期泼洒清热解毒的药品，如本草菌毒灭3亩/瓶+解毒绿水宝3亩/瓶。
倒藻的处理方法：
①检测pH值，偏低时用生石灰水泼洒调节；
②注意增氧，特别是养殖对象规格较大或密度较大时，同时投放、抗应激和解毒的药物；
③补充新水，肥水；
④如果按第三步做了一次没有效果，有条件者应检测水中是否有大量原生动物，如果是则应先杀灭后再肥水；
⑤有时绿色的水体变混浊后，其中会有大量的甲藻，水色是黄泥色的，此时应用灭藻剂来处理，再考虑肥水；
⑥切忌盲目施放肥料、底改和活菌，以致延误时机并加大处理难度。
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