对微波炉造成人体伤害方面，作了许多研究。发现有许多负面的结论：
1、它破坏脑组织。脑的传播是靠磁波，微波炉处理过的食物，如长期食用，会中和脑磁波，使脑退化，磁波短路，此为长期副作用。
2、微波炉食物，除了有致癌物之外，它还产生一堆不能为身体所吸收利用的不知名副产品。
3、长期食用微波炉食物，使男女荷尔蒙分泌量减低或改变。
4、微波炉食物的副产品，是长期而永久性的残存于人体内。
5、食物中矿物质，维生素及营养大量减少，或改变成致癌物，以及许多不能为身体所分解的合成物。
6、微波炉烹煮的食物，使蔬菜中的矿物质，改变成会破坏人体的自由基。
7、微波炉食物能引起胃癌，有些胃癌及肠癌，皆与吃太多微波炉食物有关。这或许解释了何以美国人近些年来，患直肠癌的比例如此迅速增加。
8、长期吃微波炉食物，易使身体产生大量癌细胞。
9、长期摄取微波炉食物，由于其中营养已被破坏，将使身体免疫系统出问题。
10、这样的食物，终将使记忆退化，精神不集中，情绪不稳定，且理解力降低。
如果确实比较依赖微波炉的便捷性那么在使用和维护上也要注意以下几点：
１.微波炉要放置在通风的地方，附近不要有磁性物质，以免干扰炉腔内磁场的均匀状态，使工作效率下降。 还要和电视机、收音机离开一定的距离，否则会影响视、听效果。
２.炉内未放烹饪食品时，不要通电工作。不可使微波炉空载运行，否则会损坏磁控管，为防止一时疏忽而造成空载运行，可在炉腔内置一盛水的玻璃杯。
３.凡金属的餐具，竹器、塑料、漆器等不耐热的容器，有凹凸状的玻璃制品，均不宜在微波炉中使用。瓷制碗碟不能镶有金、银花边。盛装食品的容器一定要放在微波炉专用的盘子中，不能直接放在炉腔内。
４.微波炉的加热时间要视材料及用量而定，还和食物新鲜程度、含水量有关。由于各种食物加热时间不一，故在不能肯定食物所需加热时间时，应以较短时间为宜，加热后可视食物的生熟程度再追加加热时间。否则，如时间太长，会使食物变得发硬，失去香、色、味。按照食物的种类和烹饪要求，调节定时及功率（温度）旋钮，可以仔细阅读说明书，加以了解。
５.带壳的鸡蛋、带密封包装的食品不能直接烹调，以免爆炸。
６.一定要关好炉门，确保连锁开关和安全开关的闭合。微波炉关掉后，不宜立即取出食物，因此时炉内尚有余热，食物还可继续烹调，应过1分钟后再取出为好。
７.炉内应经常保持清洁。在断开电源后，使用湿布与中性洗涤剂擦拭，不要冲洗，勿让水流入炉内电器中。
８.定期检查炉门四周和门锁。如有损坏、闭合不良，应停止使用，以防微波泄漏。不宜把脸贴近微波炉观察窗，防止眼睛因微波辐射而受损伤。也不宜长时间受到微波照射，以防引起头晕、目眩、乏力、消瘦、脱发等症状，使人体受损。