在日常的工作中时常会遇到这样的情况，纳税人按照税法的规定进行增值税和企业所得税纳税申报，但是还会出现增值税与企业所得税收入不一致的问题，不仅纳税人心存疑惑，税局机关也会视为重要的税收风险点而予以特别关注。下面综合相关税收政策、会计核算要求等几方面的因素，就两税申报不一致的问题系统梳理一下，可做参考。
纳税人在生产经营过程中发生的固定资产、无形资产处置转让行为，均应按照出售价格和适用税率或征收率计算申报缴纳增值税，但是在会计处理和企业所得税纳税申报上，是将资产处置收入扣除账面价值和相关税费后收入的金额计入营业外收入或者支出，这样就会导致增值税申报收入大于企业所得税申报收入。
按照财税[2016]36号规定，纳税人转让金融商品按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额计算缴纳增值税。纳税申报时，按照扣除之前的不含税销售额填入纳税申报表主表销售额相关栏次。而金融商品转让的会计处理和企业所得税申报则是通过投资收益体现在当期损益及应纳税税所得额中。两收入对比，增值税申报收入大于企业所得税收入。
纳税人的某些货物转移行为仅需要“视同销售”计算缴纳增值税，而不必“视同销售”计算企业所得税。这样也会导致两表收入不一致，如下情形：
纳税人将货物在实行统一核算的跨县（市）内部机构间移送用于销售。此种行为增值税需要计算销项税，但在会计核算与企业所得税政策规定上，均属于企业内部转移资产行为，既不计入营业收入，也不计算缴纳企业所得税。
价外费用包括向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
按照增值税的相关规定，销售额是按照纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用确定，除代为收取符合规定的政府性基金或行政失业性收费，以及以委托方名义开具发票代委托方收取的款项外，都应计入增值税销售额计算申报缴纳增值税。
国家税务总局公告2019年第45号规定，纳税人取得的财政补贴，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按照规定计算缴纳增值税。而在会计核算和企业所得税纳税申报上则体现在营业外收入或补贴收入等项目中。所以，上述性质的补贴也会形成增值税申报收入大于企业所得税申报收入的情况。
增值税和企业所得税在收入的确认上就有相同点，又有差异。增值税收入确认更多的是关注收取款项或者取得销售款项凭据，先开具发票的，开票之日就要确认收入；企业所得税收入则较为注重经济业务实质。这里仅就几种特殊的销售结算方式予以简要分析：
1.委托代销货物 《增值税暂行条例实施细则》第38条，纳税人发生委托代销行为，增值税以“收到代销清单”或者“收到全部或者部分货款”确认销售额。企业所得税以“收到代销清单”确认销售额（国税函[2008]875号）。如果企业先收到代销清单后收到货款则两税同时确认收入；如果纳税人先收到货款后收到代销清单，则增值税先确认收入；如果纳税人既没有收到代销清单也没有收到货款，在“发出代销货物满180天的当天”确认增值税收入，而企业所得税还要等待代销清单的到达。
2.托收承付方式销售货物 在托收承付方式下，增值税要求在“发出货物并办妥托收手续的当天”确认收入，而企业所得税只需“办妥托收手续”即可确认收入（国税函[2008]875号）。若纳税人先发出货物后办妥托收手续或者同时完成，则在两税收入上没有差异。若纳税人先办妥托收手续后发出货物，则企业所得税要先于增值税确认收入。
3.预收租金业务 纳税人采取预收款方式提供租赁服务，增值税按照“收到预收款的当天”确认收入（财税[2016]36号），企业所得税按照“跨年度，提前一次性支付，分期均匀计入相关年度”分期确认收入（国税函[2010]79号）。很明显，增值税要先于企业所得税确认收入。
4.预收款方式销售大型货物 纳税人采取预收货款方式销售货物，在“货物发出的当天”确认收入，这一点基本规定在增值税和企业所得税上是一致的。但对于生产销售生产工期超过12个月大型机器设备、船舶、飞机等货物，增值税以“收到预收款或者书面合同约定的收款日期的当天”确认收入，企业所得税则要求按照“完工进度”确认收入（国税函[2008]875号）。
