抗生素的使用会导致病原微生物产生耐药性，使得抗生素能杀死细菌的有效剂量不断增加。低剂量的抗生素长期排入环境中，会造成敏感菌耐药性的增强。并且，耐药基因可以在环境中扩展和演化，对生态环境及人类健康造成潜在威胁。除了能引起细菌的抗药性，抗生素对其它生物也可能产生一定的毒性。
抗生素发明后被人类当作仙丹妙药用于医疗与畜畜养殖，但是长期滥用下专家担心，无法完全被机体吸收的残留物又随着人畜的排泄物流入土壤与河道，使得土壤变成抗生素抗药菌株生长的温床。人类赖以为生的水中含小于水分子的抗生素，连净水器也剔除不掉。早在1977年召开的“联合国水事会议”中的数据已显示，地球只剩2%是净水，其中只有0.007 %适合人类使用，而到了今天可用水的匮乏已经到了危急的边缘。
抗生素污染水
近年多地河流水体被检出抗生素，已经引起人们的广泛关注。央视曾经曝光全国主要河流部分点位都检出抗生素，甚至南京居民家中自来水也有检出。中国每年生产抗生素原料大约21万吨，除3万吨出口外，有9.7万吨抗生素用于畜牧养殖业，占年产量的46.1%。
动物食用抗生素的排泄物污染了水与土壤，研究显示，这些抗生素经动物消化道后迅速排出体外，残留物中仍然有许多没被降解的最后进入地表水体、土壤以及地下水。
抗生素污染土壤
经研究发现养猪场菜地土壤中抗生素含量远远高于一般菜地土壤，原因是养猪场菜地施加猪粪作肥料、用鱼塘水灌溉(用抗生素饲料养殖鱼)，使猪粪和鱼塘水中的抗生素转移到土壤里。土壤里的残留物又随着降雨渗入地表与地底。
为什么说与抗生素沾边的有机肥没有好名声？
前不久一篇以《鸡粪有毒？或将被限制用作肥料！》的文章刷爆了朋友圈，那么这个说法是怎么来的？
解答：养殖户为了防止禽畜生病传染，往往会喂养大剂量的抗生素，而这些抗生素大部分都没有被吸收，大约有60%～90%以原药和代谢产物的形式随着禽畜粪便排出。而这些粪便往往会直接施用在田里或者以其他形式做成有机肥施用到田里，这种抗生素一部分很可能被植物吸收，最终又被人体吸收，而另外一部分在富集在土壤中，给地下水等造成威胁。
日前，国家质量监督检验检疫总局、国家标准化管理委员会发布了《有机肥料中土霉素、四环素、金霉素与强力霉素的含量测定(高效液相色谱法)》，这是中国首次发布肥料中抗生素残留检测方法的国家标准，为在有机肥料产品质量指标中设定抗生素残留限值提供了技术支撑，这项标准的出台，也给“任性”有机肥行业带上紧箍咒！
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