间充质干细胞通过影响机体免疫反应来降低其自身的免疫原性，并调节机体的免疫功能。
（1）MSC影响抗原递呈细胞的成熟、活化和抗原递呈。
（2）MSC通过抑制细胞免疫来抑制免疫排斥反应。MSC通过控制异种抗原的表达，而减低了其免疫原性，逃避了同种异体T细胞的识别，从而抑制了细胞免疫过程。
（3）MSC抑制T细胞增殖：效应性T细胞激活必需要有共刺激因子如CD40、CD80，而MSC不表达这些因子，从而限制T细胞活性，抑制T细胞增殖，因此形成了免疫豁免。
（4）MSC抑制NK细胞活性：MSC可能通过增强HLA基因的表达或加强与抑制型受体的作用来抑制NK细胞的活性，从而一定程度抑制免疫应答。（NK细胞：自然杀伤细胞，机体的一种免疫效应细胞，可吞噬病原微生物）
（5）MSC抑制体液免疫：MSC通过将B细胞阻滞在细胞周期的G0/G1期，从而抑制B细胞增殖。MSC抑制IgM、IgG、IgA等抗体的产生，所以MSC通过抑制B细胞增殖和抗体的分泌来抑制体液免疫。
