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用了数字PCR,检测结果不一样?别慌!

用了数字PCR,检测结果不一样?别慌! 广州普洋仪器仪表有限公司
2022-04-21
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导读:数字PCR,真正意义上的绝对定量!


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数字PCR是继实时荧光定量PCR之后一种新兴的核酸定量分析技术。数字PCR方法将微滴与荧光PCR终点检测相结合,可精确实现靶标DNA定量;其定量计算无需外标参考品的标准曲线,通过泊松分布统计方法实现定量计算,不受PCR扩增效率的影响。


目前,将数字PCR方法用于各类基因拷贝数的定量测定越来越普遍。

那么,与常用的核酸浓度测定—紫外吸光度法相比,数字PCR的检测结果是不是一致呢?答案是,真的不一样!

为了进一步准确和标准化质粒定量参考品的赋值,湖州申科同时运用数字PCR技术和分光光度法,验证了两种方法对质粒定量参考品的赋值。研究内容已发表至《中国新药杂志》2021年第30卷第24期,文末点击原文链接,可阅览全文。

吸光度法


将SV40LTA和E1A质粒DNA等比例混合稀释,使各自的终浓度均为1.2 ng·mL-1,采用吸光度法计算两种质粒的各自拷贝数终浓度分别为2.8×108 copies·μL-1和2.98×108 copies·μL-1,作为SV40LTA&E1A定量参考品。


数字PCR法


将SV40LTA和E1A的DNA定量参考品进行梯度稀释,选择ST4-ST8进行范围浓度检测,2名实验员分别进行1次检测,各浓度检测1孔,分别计算各梯度稀释管回算浓度。



 赋值结果比较

数字PCR的赋值结果是取稀释线性实验部分数据的均值计算得到,赋值方法的结果对比如图2所示,吸光度法定值的结果大于数字PCR方法。


图2 赋值方法的结果对比


紫外吸光度定量方法是通过特定种类核酸的转换系数计算得到,如1OD的吸光值分别相当于50 μg·mL-1的dsDNA、37 μg·mL-1的ssDNA、40 μg·mL-1的RNA、30 μg·mL-1的寡核苷酸,但若样本中含有的蛋白、盐或其他形式的核酸等杂质均会使260nm数值升高,导致测得结果过高。


因此对被测物的纯度和分子形态提出了很高的要求,需要提升纯化工艺。同时,最终的拷贝数数值需再通过分子量和摩尔浓度进行近似换算,也会导致测量得到的拷贝数值与真实值存在明显的差异。


这种差异主要是由这两种方法学本身检测原理的差别造成的结果差异。


END

数据来源 | HZSKBIO实验室

版权声明 | ©HZSKBIO 未授权不可使用

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