现在日本的东洋医学界，把基于古典医学典籍的药物疗法称作“汉方医学”，通过针灸、温灸刺激经络穴位等的物理疗法称作“针（灸）（温）灸（日语中针是针灸，灸是温灸的意思）医学”，两者合并称作“东洋医学”。
在日本东洋医学会的网站首页上表述是“支持国民健康1600年的汉方。放眼西洋医学，践行汉方诊疗。准确的诊断、最合适的处方、优质的汉方药是现代日本汉方的三个支柱。发扬传统医学的丰富经验和知识，追求与现代・西洋医学共存的新医疗”。
16世纪以后，西洋医学导入日本，当时称作“南蛮医学”、“红毛医学”，江户时代中期，荷兰人基本独占西洋医学，史称“兰方”或“洋方”。与此相对，把中国医学体系的传统医学称作“汉方”。幕府时代末期，尊皇的环境下，“国学”和“汉学”被称作“皇汉学”，随之“汉方”也被称作“皇汉医学”“和汉医学”。1950年日本东洋医学会成立，“东洋医学”的称呼也一并确立。
汉方医学与中国医学的差异 
日本汉方医学中，“气血水”“虚实”等理论，“葛根汤”等方剂（多种中草药的复方）与中国医学共通，教材也使用中国古典医学典籍。但是两者有很多差异，作为特征，可以举出一些具体的、实用主义的要点。
现在汉方的主流为古方派，他们认为中国医学的根本理论“阴阳五行论”是唯心的，加以排除。汉方没有病因病理的理论，根据症状应用“伤寒论”等典籍中的处方是主流学派。作为立证（症）的诊断方法，与重视“诊脉”废弃“诊腹”的中医学不同，多利用“诊腹”的方法，“诊脉”方法很少利用。另外，使用的中草药的种类也比中国要少，一天的用药量只是中国的1/3。（韩医学的中草药用药量为日本与中国之间的水平）
日本汉方医学的处方，主要以“伤寒杂病论”（现在留存“伤寒论”“金匮要略”2部教材）为基础的古代医学，又加上了日本独自改进的部分。而“温病”等明代以后在中国确立的理论体系都没有被日本的汉方医学所继承。