投资人当选择有限合伙企业控股被投资企业，当有限合伙企业转让被投资企业时，投资人税率为5%-35%（参考财税[2000]91号文附件一）（不考虑税收优惠政策及企业亏损），齐精智律师提示当投资人选择有限公司控股被投资企业，当有限公司转让被投资企业时，税率为25%，有限公司分红给股东投资人时，税率为20%，综合税率40%。
即便如此，齐精智律师认为合伙企业仍然不适合作为持股主体。
本文不追浅陋，分析如下：
一、合伙企业是无法封存利润的，一旦发生利润即使没有分配也需要缴税。
合伙企业所得税的征税方式采用的是先分后税，先分后税，是指合伙企业的应纳税所得额先拆分再交税，而不是先分配后再交税，不考虑是否分红，直接就合伙企业年度应税利润进行分配后并入纳税。合伙企业是无法封存利润的，一旦发生利润就需要缴税，而有限公司则可以做到封存利润，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，为免税收入，有限公司收到的利润可以继续留存也可以去投资其他公司而不用缴税。
二、自然人通过合伙(有限合伙)企业间接持有上市公司股票，取得分红不能享受个人所得税的差别化征税的优惠。
《财政部国家税务总局关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》（财税字[1998]61号）规定，从1997年1月1日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。但是，该规定仅限于个人投资者，并不包括合伙企业，以及合伙企业的自然人合伙人，因此自然人合伙人从合伙企业分得转让股票所得不能享受免征个人所得税的优惠政策，应按照“经营所得”依法计算并交纳个人所得税。
三、自然人通过合伙(有限合伙)企业以非货币形式向公司出资或者增资，不能享受5年内分期缴纳个人所得税的优惠政策。
合伙企业从事股权投资交易取得的所得，不能享受5年内分期缴纳个人所得税的优惠政策。 财税[2015]41号文适用的是个人非货币资产投资，而非合伙企业对外非货币投资。
根据《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税〔2015〕41号)规定，第一条 个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。第二条 个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。个人以非货币性资产投资，应于非货币性资产转让、取得被投资企业股权时，确认非货币性资产转让收入的实现。 第三条 个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。……第五条 本通知所称非货币性资产，是指现金、银行存款等货币性资产以外的资产，包括股权、不动产、技术发明成果以及其他形式的非货币性资产。本通知所称非货币性资产投资，包括以非货币性资产出资设立新的企业，以及以非货币性资产出资参与企业增资扩股、定向增发股票、股权置换、重组改制等投资行为。
四、同一自然人通过多个有限合伙企业投资多个有限公司时，多个利息、股息或者股权转让所得不能计入综合所得，不能按纳税年度合并计算个人所得税。
《个人所得税》第二条：下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
根据《个人所得税法》的规定，经营所得和利息、股息、红利所得依照本法规定分别计算个人所得税，并非计入综合所得，按纳税年度合并计算个人所得税。
五、合伙企业取得的投资收益和所投资企业用未分配利润、盈余公积转增股本，法人合伙人不能如有限公司股东一样，作为税后收益，免征所得税；同时，合伙企业的经营亏损，法人合伙人不能用合伙企业的亏损抵减其营利、在所得税前扣除。
《企业所得税法》第二十六条及《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）
六、合伙企业未明确可以作为重组当事人，享受特殊重组递延纳税优惠。
《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2015年第48号）《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号）《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）
综上，合伙企业不适合作为持股主体。
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