进口保理商的手续费，一般为发票金额的3‰到3%不等，出口保理商的手续费一般为发票金额的1‰到5‰不等。出口保理商向出口商报价时会在进口保理商的手续费上加点后直接报给出口商。一般在转让应收账款的时候，出口保理商就向出口商收取手续费，然后再将进口保理商的手续费部分按月支付给进口保理商。手续费的高低主要根据进口商的信用等级来确定。进口商的信用等级越高，手续费一般就越低。
注意：如果该笔发票日后发生折让（Credit Note）、买回（Charge Back）、反转让（Reassign）或是商业纠纷（Dispute），进口保理商仍然会对这些金额收取手续费。
注意：如果进口保理商收取单据处理费，出口商若是开立折让单（Credit Note）给进口商，此折让单（必须要贴上转让字句）仍然需要收取单据处理费，但是不用收取管理费。建议可以发送MSG#21向进口保理商表示：出口商愿意买回这个金额，因此就不需要转让折让单，也不必收取费用（但内部应保有此折让单的复印件）。
计算公式为：
利息=预付款金额×利率×融资天数/360
（如果预付款的币种是英镑则需除以365）
国际保理的手续费一般是由出口商承担。
银行汇费（Bank Charge）：银行汇费并不属于FCI的报价结构之中，但是进口保理商在汇出货款时，将会被扣掉一段银行汇费，因此必须与出口商说明这一项费用，以避免客户产生误会。
有些企业觉得本企业的销售净利润较低，比如只有3%的利润空间，而要支付近2个点的保理费是否成本太高？举例分析如下。
假定月销售额为$ 50000，销售净利润只有3%，固定费用不变，现在因为有了保理服务，可以多做一倍的订单，也就是说月销售额为$ 100000，其中$ 50000叙做保理，销售净利润便会得到意想不到的结果，请看以下图表。
所以考虑保理业务是否适合本企业，不单是看保理的费用，更要看叙做保理如何为该企业带来更多的盈利。
某出口商x年出口1000万美元电子产品到美国某大型公司Y，原本按照即期信用证结算，合作一年以后，进口商Y要求更换结算方式为提单日后90天付款，该企业既担心出口收汇的风险，又担心没有抵押物和担保，申请不到流动资金周转90天，一直不愿意答应进口商Y的要求，导致进口商Ｙ转了几百万的订单给别的出口商。此时银行Ａ向出口商介绍了国际保理服务，出口商ｘ觉得不用在承担买方的信用风险，又可以加快资金周转，愿意试一试。银行A遂向进口商所在地的银行B发出了国际保理的询价，进口保理商银行B进行了资信调查后，向银行A发出了额度回复250万美元，并要收取发票金额6‰的手续费。银行A在银行Ｂ报价的基础上，向出口商报价总共收取发票金额８‰的手续费，融资利率为LIBOR+150BPS，融资比例最高为发票金额的80%。出口商x同意。银行A遂和出口商x签署了保理协议。2007年1月5日出口商x将一张250万美元的发票转让给银行A，并要求支取80%的保理预付款。假设2007年1月5日的LIBOR为5.35%。以下是各方的支出或收入分析。
来源：国际贸易融资——实务与案例
