藏医学历经2000多年的传统历史，源自佛经医学文化与实践的结合，于公元8世纪形成举世闻名的《四部医典》。这部伟大的著作构建了完备的医学理论体系和诊疗体系，是与中医和西医一起被誉为世界三大古代医术的医学。
三因五源学说是藏医学理论的核心内容。所谓三因，就是指隆、赤巴、培根三大因素。藏医理论认为隆、赤巴、培根三大因素是构成人体生命活动的三种能量物质，易引发疾病的三种因素。其中隆是主导人体全身机能活动的一种动力，具有“气”的性质；赤巴是主导人体热能的一种因素，具有“火”的性质；培根与人体水液的物质保持密切联系，具有“水”和“土”的性质。隆、赤巴、培根三因素在人体各按其位、各具常量、平衡协调、相辅相成。当正常发挥各自的功能时，则人体各组织和器官等的生理功能旺盛，健康无病、充满活力。但是一旦因外在因素的干扰，发生偏盛偏衰、太过不及，而相互失去平衡和协调，即发生病理变化之后，则引发各类疾病，成为发病的根源。治疗疾病的过程，其实就是调节病理的隆、赤巴、培根三邪的过程。
五源学说将构成世界的基础物质土、水、火、风和物质存在、增长和运动的空间等五源相互滋生、演变、发展的关系，进行抽象的推衍、释译、归类，用以解释事物的结构和运动形式，是一种具有系统的逻辑思维方式。当这种朴素的哲融入到藏医的发展过程中时，就形成了藏医药理论。 藏医理论认为疾病的发生正是人体五源失去平衡的结果，所以治疗疾病的基本原理就是使人体五源失去平衡的异常现象归复平衡协调的正常状态。