预制菜“产业化”的发展难点，可以按三个层面来的分析：
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其次，产业链建设短板仍然存在。特别是中式预制菜生产装备的自主设计创新、智能化水平较低，滞后于产业的规模和快速发展水平。
此外，冷链物流配送能力也会制约企业扩大发展，部分预制菜（如肉类、水产类）运输配送需在低温环境下进行，需要先进的仓储物流体系及冷链运输技术支撑。
企业通常拥有多条产品线，要同时保证每条产品线上产品开发、生产、运输、销售的正常运行，需要的经营成本高，资金链一旦断裂，将对企业经营产生极度不利的影响。
尽管现在有许多专业冷链物流企业可以提供第三方配送，但物流环节仍以传统保温方式运输“冰袋+泡沫箱”，冷链仓储体系的构建也需要大量的投入，这也制约了预制菜企业的配送距离。
在我国物流冷链系统还未成熟的阶段，需要国家提供相应细化的政策，从而支持冷链配套设施的完善。同时，大都市仓库的建设成本较高，也需要政府给予一定的以扩大销量为目的的产业补贴。
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在产业技术研发上， 产业技术难点主要集中在中式菜肴加工手法多样性的复制上。除了焖、烩、炖、酱等技术可以工业化外，但爆、烹、熘、烤等工艺实现工业化难度较大，这将直接反映在菜品口感上，进而影响菜品品质。
由于我国各地区生活习惯、文化风俗存在显著差异，各地居民的饮食习惯和爱好不一，而且各家预制菜企业生产工艺和调味水平存在差异，因此跨区域经营市场难度大。
在探索过程中，预制菜行业在时间、资金、人才、技术、设备等方面的投入力度还不够，预制菜研发的速度缓慢。
而且预制菜生产企业中的生产一线人员主要为传统烹饪食品生产加工技术人员，但由于预制菜与其它传统烹饪食品在生产加工技术等方面不完全一致，因此在实际工作中常常会出现诸多问题。
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同时部分经营者对质量安全控制关键点控制的重要性认识不足，忽视危害分析与关键控制点（HACCP）对企业防控风险的重要性，未能及时发现生产过程中的食品安全问题。
此外，多元化产品少导致消费者选择较少，需求没有被激发和完全满足，这些因素导致了消费者叫好不买好的现象，相关企业可以模仿美团和饿了么，使资本进入，加强消费者端的价格补贴，迅速带动产业发展。
