
在做Western Blot实验时,内参即是内部参照。内参基因在各组织和细胞中的表达相对恒定,用于校正实验误差和标准化数据,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物,用于确保实验数据的可比性和准确性。
内参作用是校正样本上样量、上样过程中存在的实验误差,验证实验条件,定量分析,排除样本降解,保证实验结果的准确性。
最普通的内参是内源性参照基因,也叫管家基因。管家基因:又称持家基因(house-keeping genes)生物体各类细胞中都表达,其产物是对维持细胞基本生命活动所必需的蛋白质编码的基因。如微管蛋白基因、糖酵解酶系基因与核糖体蛋白基因等。是为维持细胞基本生命活动所需而时刻都在表达的基因。管家基因表达水平受环境因素影响较小,而是在个体各个生长阶段的大多数、或几乎全部组织中持续表达,或变化很小。它的表达只受启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响,而不受其他机制调节。
高度或中度表达,表达稳定,排除低表达;
稳定表达于不同类型的细胞和组织(如正常细胞和癌细胞),而且其表达量是近似的,无显着性差别;
表达水平与细胞周期以及细胞是否活化无关;
其稳定的表达水平与目标基因相似;
不受任何内源性或外源性因素的影响,如不受任何实验处理措施的影响;
不同样本来源选择不同,具体参照文献,如果是哺乳动物的组织或细胞,主要以β-actin,GAPDH,β-tubulin,PCNA等为代表。如果是植物样本,主要以 actin、Rubisco 为代表;
与目的蛋白大小最好在5kd以上差异;
目的蛋白表达部位要区分,不同细胞器蛋白选择不同的内参蛋白。
在脂肪组织里,β-Actin的表达量非常低,不适合作为内参。
不同组织的细胞结构会有差异性,如脑组织的 tubulin 的表达会高一些(因为神经细胞的轴突和树突都由 tubulin 维持结构),而 actin 的表达量可能会低一些。再比如,骨骼肌、心肌和平滑肌的特殊功能反而导致了 tubulin 的表达改变和特化,这种情况可以选择GAPDH。
缺氧和糖尿病等疾病存在下,会增加 GAPDH 在特定细胞和组织中的表达,不适合做内参。
在加入抗癌和真菌药物时,tubulin表达受影响,不适合做为内参。细胞增殖,毒性,凋亡实验时,Lamin B1等不适合作为内参。没有核被膜的样品是不适合作为内参的。
血红细胞(因为其细胞结构的特殊性和需要携带氧气的功能性)样本就不适合常用内参。可以选用血红细胞的结构性蛋白作为内参代替。
做各种分泌液样本的时候,如血浆,乳汁,组织液等,常用内参不适合。由于没有完整的细胞结构,所以只能选择一些分泌蛋白作为内参,或者采用其他方式作为内参。
做诱导后样本或检测磷酸化等修饰性抗体时,选择结构蛋白作为内参,如 beta Actin 和 beta Tubulin。因为 GAPDH 是代谢类蛋白,表达量有可能会受到诱导处理的影响。
做 Western Blot 实验时,蛋白上样量和内参的条带强度也要适当控制。内参条带不要过度曝光。如果内参条带过度曝光,掩盖样本之间含量差异,妨碍对条带正确强度的判读,进而影响对其他实验结果的判断。
没有一种内参适用于所有组织和细胞,需根据样本种属、目的蛋白分子量、表达部位及实验条件等因素综合考虑。
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