摘要
早上好，小编分享了这么长时间生信文章，一直有个疑问：分享容易复现的文章吧，被吐槽太老是灌水行为；分享10+的单细胞文章吧，被说难以实现，个人看看就好。刚好，为了满足大家这个需求，简单生信分析+收集临床样本的套路今天就给大家安排上。这次分享的文章是2020年11月发表在Cancer Manag Res上的文章，IF=3.989，作者是国内的临床医生。
背景：肺腺癌（LAD）是最常见的肺癌类型。据报道，UDP-N-乙酰氨基葡萄糖焦磷酸化酶1（UAP1）的异常表达参与癌细胞的许多生物学过程，但UAP1在LAD中的表达尚不清楚。
方法：
1、GEO和TCGA数据下载LAD的表达数据和临床信息，进行差异分析；
2、DAVID数据库进行GO和KEGG注释；
3、STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络；
4、RT-PCR验证UAP1的表达。
结果
在GEO和TCGA数据库验证UAP1的差异表达
GEO数据库中3个数据集 （GSE10072、GSE31210和GSE30219）用于分析LAD和正常组织中的UAP1表达（图1A–C)。TCGA数据集中，UAP1在肺癌组织中的表达上调（图 1D)。
作者进一步评估了UAP1对LAD患者预后的影响。从GEO和TCGA数据库中下载UAP1的RNA-seq数据和LAD患者的临床信息。生存分析显示，UAP1 高表达的患者预后比低表达的患者差（图2A–D)，说明较高的UAP1表达与LAD的不良预后相关。
UAP1及其表达相关基因的生物信息学分析
在cBioPortal和LinkedOmics数据库中获得了173个与UAP1表达相关的基因（图3A)。在DAVID数据库进行富集分析，结果显示UAP1表达相关基因主要富集于细胞内转运、细胞蛋白分解代谢过程和线粒体等过程（图 3B)。KEGG通路分析表明，UAP1表达相关基因主要富集于氨基糖和核苷酸糖代谢、氨基酰基-tRNA生物合成和蛋白质出口（图3C)。
PPI网络分析表明，EPRS、COPB1、CCT3、ALDH18A1和ARF1基因与UAP1有显著或潜在的相互作用（图 4)。
收集组织样本，RT-PCR验证UAP1的表达
RT-PCR结果显示，与正常肺组织相比，UAP1在LAD组织中的表达水平增加（图5A)。此外，与正常组织相比，UAP1在LAD组织中的表达水平增加。与较小肿瘤相比，较大肿瘤患者（图 5B）和那些具有更晚期TNM阶段的人（图5C）的UAP1表达水平显著升高。此外，ROC曲线分析用于确定LAD组织中UAP1的预测值，AUC为0.840（图 5D)。
收集血液样本，RT-PCR验证UAP1的表达
接下来，作者对来自LAD和健康志愿者的50个血浆样本中进行了qRT-PCR。结果表明，LAD患者血浆中的UAP1水平显著高于健康志愿者（图6A)。此外，ROC曲线分析用于分析UAP1在LAD患者血浆中的预测值，AUC为0.714（图6B)。
UAP1结合临床因素进行单因素与多因素Cox 分析
采用Kaplan-Meier和对数秩分析，评估UAP1表达与生存时间的相关性。UAP1 高表达的患者的 OS 时间短于UAP1 低表达（图6C)。此外，多因素COX分析显示，LAD 组织中的高 UAP1 表达是 LAD 患者 OS 的独立预后因素（表 2)。
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