早！今天小编和大家分享一篇今年1月发表在OncoImmunology (IF:8.11)的文章，作者研究了肿瘤成纤维细胞（CAFs）与肿瘤微环境的相互作用，并结合单细胞分析和实验验证。下面我们就跟随作者来看看吧！
《Landscape of cancer-associated fibroblasts identifies the secreted biglycan as a protumor and immunosuppressive factor in triple-negative breast cancer》
背景&方法
作为基质细胞的主要部分，癌症相关成纤维细胞 (CAF)在癌症增殖、进展和侵袭中发挥作用，对肿瘤微环境重塑至关重要。然而，在三阴性乳腺癌 (TNBC) 中，CAF 与肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用仍缺乏研究。在这里，我们研究了 CAF 在 TNBC 中的作用及其潜在的功能。
方法：
1.根据样本CAF的特征，对样本分簇，并比较不同簇的免疫浸润情况；
2.分析样本的免疫浸润情况，并计算CAF与免疫浸润的相关性；
3.差异基因的筛选，并针对CAF一特征基因，结合单细胞数据集，分析该基因的生物学功能；
4.Western blot和免疫组化实验验证。
研究结果
基于 CAF 标记的分类器在 TNBC 队列中确定了三个具有不同 CAF 浸润的簇
根据TNBC 中成纤维细胞的相对丰度，将TCGA-TNBC、METABRIC-TNBC 和GSE25066 -TNBC 的样本进行聚类，将患者分为不同的CAF浸润组，比较了不同组免疫浸润的情况及CAF相关标志物的表达。
图1：TCGA-TNBC 队列中 CAF 标记的聚类。
图2：CAF浸润组的成纤维细胞和免疫特征。
CAFs浸润与免疫特征的相关性
计算了 METABRIC-TNBC、TCGA-TNBC 和GSE25066 -TNBC 队列中不同浸润组（高与低、中与低）之间基因的倍数变化，并显示了免疫相关基因。其次，比较了高浸润组和低浸润组的癌症标志性信号通路的 GSVA 评分。最后评估了CAF 评分与 CIBERSORTx 免疫细胞之间的相关性。
图3：CAF 与标志性信号传导和免疫细胞之间的相关性。
BGN 上调并主要在基质 CAF 中表达
筛选差异表达基因（DEGs），并进一步比较了 TCGA-TNBC 队列中的 BGN 水平，通过western blot进行验证。并在单细胞测序数据集分析了其表达模式。
图4：BGN 在癌症相关的成纤维细胞中上调。
图5：TNBC 单细胞 RNA 测序数据集中的 BGN 表达。
图6：BGN和CAF评分与通路富集的相关性。
Biglycan 关联生物学特征和临床结果
使用 BGN 相关基因进行 GO 信号富集，结果表明，BGN可能与 TNBC 中的肿瘤血管生成、TME 重塑和肿瘤转移有关。进一步分析了 BGN 与免疫特征之间的关联，包括BGN与免疫相关基因的相关性，BGN 与 ESTIMATE 分数之间的相关性和 BGN 和免疫成分之间的相关性。
图7：BGN与免疫特征之间的相关性。
图8：数据集和 SYSUCC 队列中 BGN 的生存分析。
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