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今天小编分享一篇2022年3月18日发表在Front Genet的类风湿性关节炎的文章（IF :4.599），题目为“Identification of Tissue-Specific Expressed Hub Genes and Potential Drugs in Rheumatoid Arthritis Using Bioinformatics Analysis”。
背
景
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类风湿关节炎（RA）是一种常见的自身免疫性疾病，其特征是进行性、破坏性多关节炎。然而，RA 的病因和潜在的分子事件尚不清楚。在这里，我们应用综合生物信息学来识别与 RA 相关的组织特异性表达的中枢基因并揭示潜在的靶向药物。
方
法
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1.从基因表达综合 (GEO) 数据库下载了涉及成纤维细胞样滑膜细胞 (FLS) 的三个人类微阵列数据集。
2. 使用 DAVID 数据库对常见 DEG 进行功能和通路富集分析。
3. 通过 STRING 数据库构建常见 DEG 的蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络以识别中枢基因。
4. 基于受试者工作特征 (ROC) 曲线，研究了RA患者组织特异性表达的中枢基因的预后价值。
5. 使用CMap以识别新的抗 RA 潜在药物。
结
果
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1. DEG的识别
RA中差异表达的mRNA（DEG）的表达谱（图1）。(A) DEG 的火山图，（B）前 10 个上调的 DEG 和前 10 个下调的 DEG 的热图。
图1
2. DEG 的 GO Term 和 KEGG Pathway 富集分析
DEG 的 GO 和 KEGG 通路富集分析（图2）。(A) DEG 的前 10 个丰富的 GO 术语。(B) 显示了DEG 的前 10 个富集生物过程。(C)显示了 DEG 的前 10 个富集 KEGG 途径。
图2
3. PPI网络建设与分析
蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络的构建和分析（图3）。(A)使用 STRING 数据库构建的DEGs 的 PPI 网络。(B)与类风湿性关节炎 (RA) 发展相关的基因通路网络
图3
4. 3 个组织特异性表达的hub基因的 ROC 曲线
类风湿关节炎 (RA) 样本中 3 个特异性表达的hub基因的 ROC 曲线（图4）。
图4
5. DEM 的识别和 DEM-DEG 对的构建
关键差异表达 miRNA (DEM) 的鉴定和 DEM-DEG 对的构建（图5）。(A)预测的 miRNA 和 DEM 之间的关键差异表达 miRNA 的维恩图。(B) Cytoscape 构建的 DEM-DEG 对。
图5
6. DELs的识别和ceRNA网络的建立
差异表达lncRNAs（DELs）的鉴定和ceRNA网络的建立（图6）。（A） DELs的热图。（B）类风湿性关节炎（RA）中的ceRNA网络。
图6
结
论
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本研究表明，使用综合生物信息学分析筛选识别 RA 中组织特异性表达的中枢基因和 ceRNA 网络可以帮助我们了解 RA 的发展机制。此外，SPAG5 和 THEMIS2 可能是诊断 RA 的候选生物标志物。
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