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分享一篇2022年8月发表在J Immunol Res.（IF：4.493）的文章《Identification of Hub Genes Involved in Tubulointerstitial Injury in Diabetic Nephropathy by Bioinformatics Analysis and Experiment Verification》（PMID: 35991124），作者利用加权基因共表达网络分析，以筛选出两个非保守基因模块，并进一步得到糖尿病肾病的hub基因。该文章筛选关键模块的方法比较新颖，同样适用于其他非肿瘤或肿瘤的研究，有相关需求的老师欢迎联系我们。
背景&方法
背景：
糖尿病肾病（DN）是糖尿病的主要微血管并发症，也是终末期肾病的最重要原因之一。
方法：
1.DN和对照组共表达网络的构建；
2.模块保存分析选择特征模块，并进行GO和KEGG富集分析；
3.DN和对照组之间差异表达基因的鉴定；
4.差异表达基因的GO、KEGG和GSEA富集分析;
5.PPI网络分析与关键基因识别；
6.数据集验证、ECM相关通路和GFR相关性分析；
7.RT-qPCR验证关键基因。
结果
共表达网络的构建
使用WGCNA方法在转录水平构建共表达网络。然后，我们比较了DN和对照组的特定网络之间的差异。
特征模块的GO和KEGG通路分析
为了验证WGCNA的稳健性，进行了模块保存分析，选择了DN的两个特征模块，（dark orange和dark red）（Z summary最低的非保守模块）进行GO和KEGG分析。
DN相关DEG的鉴定和富集分析
通过R包limma识别出199个与DN密切相关的DEG。接下来，对所有DEG进行GO、KEGG以及GSEA通路富集。
PPI网络分析与关键基因识别
使用STRING构建DEG的PPI网络，基于Degree、Betweenness、Closeness和MNC四种方法筛选关键基因，将排名前20的基因进行交叉，得到11个关键基因：ALB、ANXA1、 ANXA2、C3、CCL2、CLU、EGF、FOS、PLG、TIMP1和VCAM1。
数据集验证、ECM相关通路和GFR相关性分析
在验证集中验证了11个关键基因的表达模式。TIMP1、C3、CCL2、VCAM1、CLU、ANXA2和ANXA1的表达与肾小球滤过率（GFR）呈负相关。还发现许多基因与细胞外基质（ECM）相关通路显示出显着的相关性。
验证关键基因
RT-qPCR显示ANXA2和FOS在高糖环境下HK-2细胞中表达上调，与对照组相比差异有统计学意义。
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中科生信
