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分享一篇2022年4月发表在Front Oncol. （IF：5.738）《Identification of Hub Genes Associated With Melanoma Development by Comprehensive Bioinformatics Analysis》（PMID: 33912448），作者通过UCSC数据库、GTEx数据库和GEO数据库鉴定出了与黑色素瘤相关的重要基因。该研究方法同样适用于其他肿瘤的研究，有相关需求的老师欢迎联系我们。
背景&方法
背景：
黑色素瘤是一种起源于黑素细胞的高度恶性肿瘤，最常见于皮肤，可从先天性良性细胞痣或发育不良的痣演变而来。
方法：
1.UCSC Xena和GSE3189加权基因共表达模块的构建；
2.UCSC Xena和GSE3189 DEG的鉴定；
3.交集基因的GO和KEGG富集分析；
4.蛋白质-蛋白质相互作用网络及和Hub基因鉴定；
5.Hub基因的预后价值分析；
6.肿瘤转移组和原发组蛋白质表达的验证；
7.Hub基因的免疫组织化学验证。
结果
加权基因共表达模块的构建
对来自UCSC Xena数据库和GSE3189的基因表达矩阵进行基因共表达网络分析。UCSC Xena和GSE3189分别鉴定了六和七个共表达模块。UCSC Xena中的magenta模块与GSE3189中的blue模块和分组特征之间的相关性最高。
DEG的鉴定和共表达模块的基因鉴定
在UCSC Xena和GSE3198数据集中共识别出6609个和6223个DEG。UCSC Xena中magenta模块的基因、GSE3189中blue模块的基因，以及两个数据集的DEG，得到435个重叠基因用于后续分析。
435个基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析
使用GO富集分析和KEGG通路富集分析进一步探索了435个基因的潜在功能。
PPI构建和Hub基因鉴定
将435个基因导入STRING在线数据库以获得PPI网络。 随后，使用CytoHuba插件中的MCC算法得到10个Hub基因。
Hub基因的预后价值和蛋白质表达的验证
Kaplan-Meier分析显示10个Hub基因中有5个与预后显着相关。基于这5个Hub基因构建预后模型，并绘制预后模型的生存曲线。还用GEPIA2数据库对10个Hub基因的生存进行了预测。根据肿瘤的转移和原发状态将所有患者分为两组，转移组中ASPM的表达显着高于原发组，原发组中AURB的表达显着高于转移组。
免疫组织化学
这5个基因在黑色素瘤中的免疫组化染色阳性率明显高于在黑色素瘤中的阳性率。
END
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