旧瓶装新酒：重症肌无力与lncRNA的秘密

前几天看见一篇通过构建ceRNA网络鉴定lncRNA SNHG16在重症肌无力(myasthenia gravis)中的调控作用的文章《Identification of the Regulatory Role of lncRNA SNHG16 in Myasthenia Gravis by Constructing a Competing Endogenous RNA Network》,IF：5.9。ceRNA网络作为热度已经退却的一种生信套路如何能发5+文章的，下面就由小编带大家一探究竟吧。

背景：重症肌无力（Myasthenia Gravis，MG）作为一种自身免疫性疾病，由针对神经肌肉连接处蛋白质的抗体引起。lncRNA作为内源性RNA相互竞争，参与调控各种疾病。本研究的目的就是通过构建包含lncRNA的ceRNA网络，筛选出包含lncRNA SNHG16的关键模块并验证其调控作用。

方法：首先作者通过在pubmed上收集MG相关的miRNA，利用TargetScan和miRanda数据库预测miRNA与lncNRA的互作关系，然后与starBase得到的miRNA-lncRNA互作关系取交集作为候选互作关系。通过miRTarBase数据库得到miRNA-mRNA的互作关系，基于前面筛选的MG相关基因作为标准筛选得到的miRNA-mRNA互作关系。最终将两者合并得到lncRNA-miRNA-mRNA的互作网络，筛选出包含lncRNA SNHG16的lncRNA-miRNA-mRNA竞争关系对，之后利用包括GO、KEGG富集和细胞转染实验等手段验证了该关系对在MG中的调控作用。

1、构建lncRNA介导的MG相关ceRNA网络

通过之前的多个方法作者构建了lncRNA介导的MG相关的ceRNA网络(LMGCN)(图1A)，结果显示LMGCN中共包含9个miRNA、20个基因和32个lncRNA(图1B)。其中HELLPAR的lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA相连的关系对数目是最多的。

为了进一步验证lncRNA在MG中功能，作者利用RNALocate数据库研究lncRNA在LMGCN中的亚细胞定位。通过网络中的mRNA进行功能注释，共鉴定出58条通路和113个GO功能，超过三分之一的通路和功能与免疫或炎症机制相关，这作者主要列出了几种在MG免疫机制中具有重要作用的通路和功能，MG免疫机制主要包括免疫应答、胸腺发育、正向调节T细胞增殖和炎症反应等。

2、通过文献检索挖掘潜在的ceRNA机制

基于LMGCN网络，作者发现文献中已经验证了4个miRNA-mRNA关系对，分别为let-7c-5p/IL-10、18miR-145-5p/CD28 、19miR-15a-5p/CXCL10和miR-181c-5p/IL7。通过提取这4对miRNA-mRNA关系对的子网，作者发现了8个相连的lncRNA可能作为ceRNA来调控上诉miRNA基因对。通过查阅相关文献，作者总结了这些lncRNA主要与癌症发生、免疫过程和血管钙化等有关，尤其是SNHG16作为ceRNA参与了炎症和免疫过程，在子网中与IL10竞争(B细胞重要生长因子，将B细胞活化为抗体生成细胞)，在MG发病机制中具有重要作用。这些发现IL10/SNHG16竞争关系对可能参与MG的发病机制。

3、细胞转染实验验证SNHG16-IL10竞争关系在MG中调控作用

最后作者通过细胞转染实验，发现了SNHG16通过在Jurkat细胞中调控分泌let-7c-5p，促进IL-10表达，抑制细胞凋亡并促进增殖，证实了SNHG16作为心脏调节机制的关键lncRNA可以作为MG诊断和治疗的生物标志物。