摘要
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早上好，代谢相关研究方向想必大家都耳熟能详了，但是之前的研究都主要聚焦在代谢相关基因或是相关通路，没有对代谢相关指标进行系统性的研究，今天小编分享的一篇2020年2月发表在Frontiers in Oncology（IF：6.244）的文章。作者将代谢综合征（MetS）和食管鳞癌（ESCC）联系到也一起，这里对代谢综合征做个简单的科普，符合一下这些指标BMI>28，甘油三酯>150mg/dl，胆固醇<40mg/dl，空腹血糖≥110mg/dl，血压≥130mmHg，即为代谢综合征，发现了6个lncRNA与两种疾病显著相关，并对ESCC的预后具有重要影响。
背景&方法
Zhong Ke Sheng Xin
背景：代谢综合征（MetS）与食管鳞癌（ESCC）的发展有关，并且lncRNA参与MetS和肿瘤的相关生物学功能。本研究MetS的预后价值及相关lncRNA对ESCC的影响。
方法：
1、CAMS数据库收集179个ESCC病人临床信息，收集MetS的术前临床信息，包括术前BMI、空腹血糖水平、血压、甘油三酯和胆固醇水平；
2、TCGA和GEO数据库收集ESCC芯片数据和RNA-seq数据；
3、CIBERSORT算法计算免疫浸润细胞评分，评估MetS状态与TNM分期、肿瘤分级和生存之间的相关性；
4、WGCNA筛选MetS模块相关基因；
5、单因素Cox和多因素Cox识别预后相关lncRNA并构建预后风险模型；
6、构建Nomogram图评估独立预后影响因素。
结果
Zhong Ke Sheng Xin
MetS是ESCC的独立预后因素
根据MetS对179名ESCC患者进行了划分。26例（14.5%）符合MetS标准，153例（85.5%）不符合标准。两组患者在生存时间和RFS上都具有显著性差异（图1A，B）。在性别、TNM分期或其他临床特征没有差异。
作者还发现，年龄、N分期对预后具有显著影响。然而，MetS的单成分对预后却没有显著影响，例如BMI，血糖，血压以及胆固醇、甘油三酯水平。多变量Cox分析表明，MetS是一个独立的因素（HR = 2.21，p = 0.005）。同时，年龄、TNM分期、肿瘤分级均被确定为独立预后因素。
MetS可能对肿瘤微环境具有影响
从MSigDB中下载MetS相关基因集并比较这些基因在MetS组和非MetS组间的表达差异，结果表明，IGF1，IGFALS，CSF1，TGFβ1和TGFβ2等基因在两组之间具有显著差异（图2A）。WGCNA用于筛选MetS相关的模块，最终筛选出MEgrey，MEsalmon，MEgreenyellow和MEpurple4个模块。作者模块基因显著富集到细胞外基质相关通路（图 2B)。构建了top50的hub基因的PPI网络（图 2D，E）。这些结果表明，MetS对肿瘤预后的影响可能与肿瘤微环境有关。
免疫浸润和基质评分可以反映肿瘤微环境。利用CIBERSORT方法，去除了p>0.05的不匹配样品，共使用139个正常和155个肿瘤样品进行下一步分析。研究结果表明，22种免疫细胞在两组间具有显著差异（图3A)。主成分分析（PCA）可以很好地区分正常样品和肿瘤样品（图3A）。
接下来，我们探索了临床特征之间的相关性，例如T期，N期和肿瘤分级在两组之间具有显著差异。最重要的是，MetS组具有高M2巨噬细胞浸润（p = 0.04，图 3B），它们显示，出促肿瘤作用的替代激活状态。同时，MetS组与基于ASCURATION算法的基质评分显著相关（p = 0.006，图3C).
6个特征lncRNA的鉴定
差异分析共发现466个下调和623个上调lncRNA。在 MetS 相关的4个 模块（MEgrey、MEblue、MEbrown 和 MEturquoise）中提取模块基因，使用单变量 Cox回归最终筛选到42个预后相关的lncRNA。 最后，通过多变量Cox回归分析确定了6个与预后显著相关的lncRNA（图 5)。
使用6个特征lncRNA计算风险评分，以风险评分中位数将60名ESCC患者分为高风险组（n = 33）和低风险组（n = 27）。高危组和低危组在生存时间和RFS方面存在显著差异（图 6A，B)。同时还评估了这6个特征lncRNA的预测效能，3-5年的AUC值均大于0.7（0.785和0.786）。最后，AC005091.1， SNHG6，AC091544, DNAJB5-DT、HTT-AS和ANKRD10-IT1被确定为预后相关特征lncRNA。
6个特征lncRNA在其他预后影响因素的差异
为了验证这6个lncRNA的在其他独立预后影响因素上是否具有显著差异，作者在GSE53624和GSE53622这两个数据集中比较这6个特征lncRNA的生存时间是否具有显著差异，结果显示在这6个lncRNA在TNM分期和肿瘤分级上都具有显著的OS差异（图 7).
6个特征lncRNA可以作为独立预后因素
接下来，作者选择了MetS，lncRNA特征，年龄，肿瘤分级，TNM分期和N分期这些独立预后影响因素构建列线图（图8A、B)。C指数为0.71，RFS的C指数为0.75（图8C)。3 年和 5 年生存期的列线图校准曲线显示，（图lncRNA特征和MetS都可以增强预测能力（图8A，B）。最后，使用随机取样进行内部验证。来自TCGA的ESCC患者被分为外部验证组。这些结果均显示出中等预测值（图 8D).
写在最后
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