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早上好,今天分享一篇2021年8月发表在Cartilage(IF=4.634)的文章(Ref: 35118903),作者研究的是复方Qiangzhifang对惊恐障碍的治疗。该研究方法同样适用于其他肿瘤或非肿瘤常见病的研究,有相关需求的老师欢迎联系我们!
背景&方法
背景:惊恐障碍(PD)是一种以反复惊恐发作症状为特征的精神疾病。Qiangzhifang(QZF)是一种新型汤剂,在治疗恐惧、胆怯、焦虑、强迫、失眠、烦躁等方面有确切疗效。
方法:
1、利用TCMSP、SwissTargetPrediction和UniProt数据库筛选QZF的活性成分和靶点;
2、利用GeneCards、OMIM、CTD、DrugBank数据库收集疾病靶点;
3、活性成分靶点与疾病靶点相交得到治疗靶点,构建PPI网络;
4、活性成分-疾病-靶标相互作用网络构建;
5、活性成分与核心靶点进行分子对接;
6、治疗靶点的GO和KEGG富集分析。
结果
筛选QZF的活性成分和靶点
TCMSP数据库预测巴戟天、半夏、大枣、茯苓、山药的活性成分。SwissTargetPrediction数据库预测天麻和远志的活性成分,共得到84个活性成分。使用UniProt数据库和SwissTargetPrediction数据库预测到84种化合物对应的691个靶基因。
确定疾病目标
分别通过GeneCards、OMIM、CTD、DrugBank数据库收集到133、118、195、80个疾病靶点,删除重复项后,得到357个疾病靶点。
PPI网络建设
将活性成分靶点与疾病靶点相交,得到97个治疗靶点(图2),构建PPI网络(图3)。根据degree,排名前10的是AKT1、FOS、APP、SLC6A4、COMT、IL-6、p53、CASP3、VEGFA和TNF(图4)。
图2
图3
图4
活性成分-疾病-靶标相互作用网络构建
使用Cytoscape软件构建活性成分-疾病-靶标相互作用网络,包括155个节点和552条边(图5)。粉色表示药物QZF,红色表示疾病PD,绿色表示QZF的有效成分,紫色表示QZF和PD的共同靶点。
图5
分子对接
Quercetin、beta-sitosterol、4-(4'-hydroxybenzyloxy)benzyl methyl ether、harmine、1,7-dimethoxyxanthone和1-hydroxy-3,7-dimethoxyxanthone是degree最高的五种活性成分。将五种活性成分与前三个核心靶点AKT1、Fos和APP进行分子对接。所需的结合能越低,结合构象越稳定。选结合能小于−8.5 kcal/mol的进行展示(图6,7)
图6
图7
GO富集分析
GO分析显示治疗靶点主要涉及118个BP、18个CC和35个MF。BP包括对药物的反应、细胞增殖的正向调节、腺苷酸环化酶激活肾上腺素受体信号通路、突触传递和胆碱能突触传递。CC包括质膜、突触后膜、质膜、突触和细胞连接的组成部分。MF包括药物结合、酶结合、相同蛋白结合、细胞外配体门控离子通道活性和多巴胺结合。
图8
KEGG分析
对治疗靶点进行KEGG分析,共得到62条通路,前20条信号通路如图9所示。
图9
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