早！今天小编和大家分享一篇今年1月发表在OncoImmunology (IF:8.11)杂志的文章《Landscape of cancer-associated fibroblasts identifies the secreted biglycan as a protumor and immunosuppressive factor in triple-negative breast cancer》，作者研究了肿瘤成纤维细胞（CAFs）与肿瘤微环境和免疫细胞的相互作用，过程中还结合了单细胞分析。最后进行了免疫组化和Western Blot实验，最终投到了8+。下面我们就来看看作者的研究思路吧！
摘 要
癌症相关成纤维细胞 (CAF) 对肿瘤微环境重塑至关重要，并与肿瘤进展相关。诸多的证据强调适当的基质细胞对肿瘤的发展至关重要。其中，越来越多的证据表明，作为基质细胞的主要部分，癌症相关成纤维细胞 (CAF)在癌症增殖、进展和侵袭中发挥作用。然而，在三阴性乳腺癌 (TNBC) 中，CAF 与肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用仍缺乏研究。在这里，我们研究了 CAF 在 TNBC 中的作用及其功能的潜在新介质。
研究结果
基于 CAF 标记的分类器在 TNBC 队列中确定了三个具有不同 CAF 浸润的簇
根据TNBC 中成纤维细胞的相对丰度，将TCGA-TNBC、METABRIC-TNBC 和GSE25066 -TNBC 的样本进行聚类，将患者分为不同的CAF浸润组，即低、中、高浸润。证明了低、中和高 CAF 浸润组中 MCP-counter 和 xCell 分数的上升趋势队列。此外，还比较了 iCAF 和 myCAF 标志物的表达。结果表明，这些组中的样本显示出大量浸润的 CAF。
图1：TCGA-TNBC 队列中 CAF 标记的聚类。
图2：CAF浸润组的成纤维细胞和免疫特征。
CAFs浸润与免疫特征的相关性
计算了 METABRIC-TNBC、TCGA-TNBC 和GSE25066 -TNBC 队列中不同浸润组（高与低、中与低）之间基因的倍数变化，并显示了免疫相关基因。其次，比较了高浸润组和低浸润组的癌症标志性信号通路的 GSVA 评分。最后评估了CAF 评分与 CIBERSORTx 免疫细胞之间的相关性。
图3：CAF 与标志性信号传导和免疫细胞之间的相关性。
BGN 上调并主要在基质 CAF 中表达
应用RNA测序和无标记质谱来探索NAF和CAF组的转录组表达谱和差异表达基因（DEGs）。与 NAF 相比，BGN 是一种细胞外蛋白，在 CAF 中上调。我们进一步比较了 TCGA-TNBC 队列中的 BGN 水平，并观察到肿瘤组织中 BGN 水平显著升高。最后通过蛋白质印迹进一步验证了我们在蛋白质水平上的结果。为了进一步确认 BGN 在不同肿瘤成分中的表达谱，我们使用显微切割和单细胞测序数据集分析了其表达模式。
为了进一步确认其在 TNBC 中的表达特征，我们试图分析 TNBC scRNA-seq 数据集中的 BGN 表达水平。BGN 主要在 TNBC 队列的整体成纤维细胞中表达。在另一个具有更详细细胞簇的数据集中，BGN 主要在 CAF 和血管周围样 (PVL) 亚群中表达。BGN 表达水平与这些队列中分别由 MCP-counter 和 xCell 估计的成纤维细胞和内皮细胞的评分显著相关。这些结果进一步表明，BGN 可能是 TNBC 中 CAF 特异性的生物标志物，并在细胞外基质中发挥其功能。
图4：BGN 在癌症相关的成纤维细胞中上调。
图5：TNBC 单细胞 RNA 测序数据集中的 BGN 表达。
图6：BGN和CAF评分与通路富集的相关性。
Biglycan 关联生物学特征和临床结果
在这里，我们探索BGN在肿瘤发展中的作用及其在临床实践中的预后价值。使用 BGN 相关基因进行 GO 信号富集，结果表明，BGN可能与 TNBC 中的肿瘤血管生成、TME 重塑和肿瘤转移有关。因此，我们进一步分析了 BGN 与免疫特征之间的关联。首先分析了BGN与免疫相关基因的相关性，计算了 BGN 表达和 ESTIMATE 分数之间的相关性，最后，我们计算了 BGN 和免疫成分之间的相关性。
由于 BGN 在癌症的生物学过程中起着至关重要的作用，我们进一步试图检查其临床相关性。
图7：BGN与免疫特征之间的相关性。
图8：数据集和 SYSUCC 队列中 BGN 的生存分析。
小结
在这里，我们分析了肿瘤组织的表达谱和单细胞 RNA 测序，以探索三阴性乳腺癌中成纤维细胞的特征。我们评估了 TNBC 中成纤维细胞的相对丰度，并进一步确定了一种细胞外分泌蛋白 biglycan（BGN），可作为 CAF 的生物标志物和 TNBC 预后不良的预测因子。
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