今天小编分享一篇2022年7月发表在Front Immunol的文章（IF :8.786），题目为“Identification of immune hub genes participating in the pathogenesis and progression of Vogt-Koyanagi-Harada disease”。
1
背景&方法
背景：Vogt-Koyanagi-Harada (VKH) 病是一种以双侧肉芽肿性葡萄膜炎为特征的自身免疫性炎症性疾病。本研究的目的是确定参与 VKH 疾病发病机制和进展的免疫hub基因。
方法：
1、高通量测序数据从 Gene Expression Omnibus (GEO) 下载，免疫数据集从 ImmPort 下载。
2、免疫差异表达基因 (DEG) 是从它们在 GEO 和 ImmPort 数据集中的交叉点获得的。
3、基因本体论 (GO)、京都基因和基因组百科全书 (KEGG)、疾病本体论 (DO)、蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络和聚类分析免疫差异基因。
4、使用箱线图和接受者操作特征 (ROC) 曲线验证了对免疫hub基因的置信度。
2
结果
结果：
1、免疫 DEG 的鉴定
在 Vogt-Koyanagi-Harada (VKH) 患者和健康对照 (HC) 中总共鉴定出 254 个差异表达基因(DEG)（图1）。前 50 个差异表达基因 (DEG) 显示在(A)热图中。(B)免疫 DEG 的维恩图。将 VKH 疾病的临床数据集 ( GSE166663 ) 和免疫数据集 (ImmPort) 相交以识别免疫 DEG。
图1
2、免疫 DEGs 的功能富集分析
基因本体（GO）功能分析的气泡图（图2）包括（A）生物过程，（B）细胞成分和（C）分子功能中的前10个术语，表明免疫差异表达基因（DEGs）主要参与体液免疫反应、淋巴细胞介导的免疫、白细胞介导的免疫和抗原结合（P <0.05）。
图2
来自京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 功能分析的条形图（图3A）表明抗原加工和呈递、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和移植物抗宿主病在基因组中被最显着激活 ( P < 0.05)。（图3B）疾病本体（DO）功能分析条形图显示前10种疾病，免疫差异表达基因（DEGs）主要参与人类免疫缺陷病毒传染病的发病机制（P <0.05）。
图3
3、免疫 DEGs 的蛋白质-蛋白质相互作用网络分析
Hub基因的鉴定（图4）。（A） 12 个免疫差异表达基因 (DEG) 的蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络，红色标记的上调基因和蓝色标记的下调基因。（B）使用 MCODE 构建由七个基因组成的簇1。
图4
4、鉴定免疫hub基因表达水平和诊断价值
在基因表达水平验证免疫潜在中枢基因（图5）。Vogt-Koyanagi-Harada 患者 (VKH) 中 KLRC2、KLRC3、SH2D1B、GZMB、KIR2DL3 和 KIR3DL2 的表达明显低于健康对照组 (HC)。GNLY的表达水平在两组间无统计学差异。
图5
验证免疫潜在中枢基因的诊断价值（图6）。接受者操作特征值和曲线下面积 (AUC) 统计表明，所有七个潜在的中枢基因都对 Vogt-Koyanagi-Harada 病具有诊断价值。
图6
总之，我们在VKH疾病中获得了20个免疫DEG（13个下调基因和7个上调基因），最终筛选出与VKH疾病相关的6个免疫hub基因（KLRC2、KLRC3 SH2D1B、GZMB、KIR2DL3和KIR3DL2），其中一些目前对VKH病的研究尚未提及。据我们所知，这是首次发现免疫hub基因在VKH疾病发病机制中的作用。进一步分析验证这些枢纽基因的表达水平和诊断水平对于在未来的工作中为 VKH 疾病提供新的诊断和治疗靶点具有重要意义。然而，应该注意的是，这项研究仅包括生物信息学分析，因此，需要进一步的实验验证。
更多服务联系小编
