今天小编分享一篇2022年1月发表在Cartilage的文章（IF :3.117），题目为“Identification of Hub Genes and Pathways Associated with Oxidative Stress of Cartilage in Osteonecrosis of Femoral Head Using Bioinformatics Analysis”。
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背景&方法
背景：本研究旨在鉴定股骨头坏死（ONFH）中软骨氧化应激相关基因的hub基因和通路，并预测hub基因的转录因子。
方法：
1、GSE74089来自GEO数据库，包括4个坏死组织和4个正常组织，通过limma包在R语言中识别差异表达基因（DEGs）。
2、我们在基因本体（GO）数据库中搜索了与氧化应激相关的基因。
3、使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，使用Cytoscape软件的Degree算法筛选hub基因。
4、使用NetworkAnalyst 网络工具查找hub基因的转录因子 (TF)。
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结果
结果：
1、筛选候选基因
差异表达基因分析（图1）。（A）差异表达基因的火山图，（B） 88 个OS-DEG 的热图和聚类分析。
图1
2、GSEA
将440个OS-gene的表达信息上传至GSEA软件，利用Hallmark和KEGG基因集数据库对OS-genes表达谱的整体水平进行富集分析（图2）。
图2
3、GO和KEGG分析
为了分析 OS-DEGs 在 ONFH 中的作用，通过 GO 和 KEGG 分析了差异基因（图3）。（A）OS-DEGs（与OS相关的DEGs）TOP10 KEGG通路富集图。（B）带有 OS-DEG 的 GO 富集图。仅显示 BP、CC、MF 中的前5个丰富术语。
图3
4、PPI网络分析
将选定的OS-DEGs导入STRING数据库构建蛋白质相互作用网络，然后使用Cytoscape创建PPI网络图谱（图4）。模块分析（图5）。( A ) PPI Network的关键模块1。( B )模块1 KEGG分析的和弦图。( C ) PPI Network 的关键模块 2。( D )模块2 KEGG分析的和弦图。
图4
图5
5、转录因子-基因对
我们找到了4个度数≥5的转录因子，并构建了TFs-genes网络图（图6）。
图6
结论：
综上所述，目前研究中诊断出的几个基因和通路可能与ONFH的分子机制有关。这些结果有助于我们理解 ONFH 中的氧化应激。
