今天和大家分享一篇发表在Int J Mol Sci（IF：6.208）杂志的文章Endocrine Disrupting Chemicals Influence Hub Genes Associated with Aggressive Prostate Cancer。
背景
前列腺癌 (PCa) 是世界上男性中最常被诊断出的癌症之一。由于对化学品的环境暴露如何导致侵袭性 PCa 的分子发病机制的了解不完全，其预防受到了限制。内分泌干扰化学物质 (EDC) 的环境暴露可能会模拟参与 PCa 发展的激素。
方法
1.使用六个 PCa 微阵列数据集，即GSE46602、GSE38241、GSE69223、GSE32571、GSE55945和GSE26126识别差异表达基因(DEG) 后，对 DEG 进行了(GO) 和KEGG 通路富集分析。
2.使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，并通过 Cytoscape 进行可视化。
3.PCa 组织中 Hub 基因表达的数据集验证。
4.Hub基因的生存分析。
5.PCa 中的化学-基因相互作用分析。
研究结果
1、DEGs（上调和下调基因）的筛选
通过 PCa 的火山图识别 DEG（图1）。六个 GEO 微阵列数据集的火山图：（A）：GSE46602，（B）：GSE38241，（C）：GSE69223，（D）：GSE32571，（E）：GSE55945，和（F）：GSE26126。
维恩图对重叠DEG的鉴定（图2）。( A ) 来自 PCa 的六个 GEO 微阵列数据集的重叠 DEG，在六个 GEO 微阵列数据集中识别出 369 个 DEG；( B ) 确定了重叠的上调 (109) 和下调 (260) DEG。
2.PPI网络构建与模块分析
我们利用 STRING 数据库工具构建参与 PCa 预后的 DEG 的 PPI 网络（图3）。
这两个模块是从 DEGs 的PPI 网络使用MCODE生成的（图4）。( A ) Module-1：与31.9分相关，包括33个基因（节点）和511条边。( B ) Module-2：与 6.0 分相关，由 6 个基因（节点）和 13 个边组成。我们使用 Cytoscape 的 Cytohubba 插件确定了个12hub基因上调（NCAPG、MKI67、CCNA2、CCNB1、TPX2）和下调（CDK1、CCNB2、AURKA、UBE2C、BUB1B、CENPF、RRM）用于后续分析。
通过GeneMANIA 插件开发了一个用于hub基因及其对蛋白质/基因影响的相互作用网络（图5）。
3.PCa 组织中 Hub 基因表达的数据集验证
通过 TIME对来自癌症基因组图谱前列腺癌 (TCGA-PRAD) 的PCa (497) 和正常前列腺 (52) 组织之间的12 个hub基因表达进行差异分析（图6）。
4.Hub基因的生存分析
使用 GEPIA 在线工具，基于TCGA PCa 患者的12个hub基因的高表达或低表达，对总体生存 (OS) 进行预后生存分析（图7）。
使用 GEPIA 进行基于TCGA PCa 患者的12个hub基因高表达或低表达的 DFS 预后生存分析（图8）。
使用 UALCAN 执行基于 Gleason 评分的基因表达对 TCGA-PRAD 患者生存的影响（图9）。
5.DEG 的化学-基因相互作用分析
有 50 种化学物质与 5 个上调的hub基因相关，186种化学物质与7个下调的hub基因相关。鉴定并列出了影响12 个hub基因的22 种重叠化学物质（图10）。在 22 种已识别的化学物质中，17 种被归类为公认的内分泌干扰物，一种化学物质具有致癌性。
