早！今天小编和大家分享一篇发表在Bioscience Reports杂志的文章《HOTAIR as a diagnostic and prognostic biomarker of gastrointestinal cancers: an updated meta-analysis and bioinformatics analysis based on TCGA data》。作者基于HOTAIR作为胃肠道癌症的诊断和预后生物标志物进行生物信息学分析。对于预后分析有意向的，可以与我们联系，方法适用于其他类型疾病。
背景：
胃肠道癌是影响人类的最常见的癌症类型。HOX transcript antisense intergenic RNA（HOTAIR）是一种长链非编码RNA（lncRNA），在不同类型的肿瘤中的高表达可能与不良预后有关。在本研究中，对HOTAIR表达与胃肠道癌之间的关系进行分析。
研究结果：
HOTAIR在消化系统恶性肿瘤中的预后价值分析
在29项研究报告中，报道了2621例患者根据HOTAIR表达水平计算的OS率。
考虑到发表偏倚的存在，使用修剪和填充的方法来确定分析结果的稳定性。结果表明该分析是稳定和可信的，结果在修剪和填充之前没有逆转（P<0.001）。
在有DFS数据的研究中，高HOTAIR组与HR=2.62（C5%=1.27–3.96 95%，P<0.001）相关，没有发现显著的异质性（I2=0%，P=0.825）。随后，进行敏感性和发表偏倚分析，结果表明，该分析是稳健的和可靠的。
HOTAIR对不同肿瘤类型OS的独立预后价值
为了确定胃肠道系统癌患者中HOTAIR表达水平与OS之间的关系，根据癌症类型对研究进行分类，并采用固定效应模型分析HR和95% CI。结果显示，HOTAIR是ESCA（HR=1.94,9 5%CI=1.35–2.52，P<0.001）和GC（HR=1.58, 95%CI=1.35–1.81，P<0.001）患者OS的重要预后指标AIR。
构建lncRNA-mRNA共表达网络，预测HOTAIR潜在的生物学功能
利用TCGA数据，确定lncRNA HOTAIR的表达水平与每个PCG之间的相关性。结果显示，与HOTAIR表达最呈正相关的6个PCGs分别为HOXC11、HOXC10、HOXC8、C2orf70、HELB和HOXC12，相关系数分别为0.863、0.664、0.645、0.59、0.585和0.581（P<0.001）。其中，HOXC11、HOXC10、HOXC8、HOXC12在胃肠道肿瘤中与HOTAIR相互作用，共同促进肿瘤的形成和发展。
接下来，通过将基因定位到KEGG通路上，研究HOTAIR在肿瘤中显著积累的途径，P53/P21/Rb信号通路，影响细胞周期相关蛋白（CYCA、CYCB和CYCD）的表达，进而影响细胞周期，导致肿瘤的生长速度加。
关于分子机制的系统文献综述
lncRNA HOTAIR在胃肠道肿瘤的形成和进展中起着重要作用。体外和体内报道的HOTAIR对肿瘤的影响大多与细胞凋亡、EMT、细胞周期、耐药性、转移、细胞增殖、侵袭和迁移有关。首先，对胃肠道肿瘤的研究表明，HOTAIR对癌细胞的生存至关重要，而HOTAIR的缺失会导致癌细胞凋亡。同时，HOTAIR可以通过Bax/Bcl-2的途径抑制相关蛋白Bcl-2的表达，抑制原癌基因Bax的表达，从而抑制肿瘤细胞的凋亡。这些结果与本研究中基于TCGA数据的生物信息学分析的结果相似。第二，HOTAIR下调E-钙粘蛋白和miR-217的表达，然后激活DACH1/JAK3/STAT3和Wnt/β-连环蛋白通路，这些通路参与了肿瘤的EMT能力。
