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重磅新发现!单细胞揭秘“三阴性乳腺癌”的隐藏“促血管利基”,揭示巨噬细胞如何悄悄帮肿瘤长血管!

重磅新发现!单细胞揭秘“三阴性乳腺癌”的隐藏“促血管利基”,揭示巨噬细胞如何悄悄帮肿瘤长血管! 中科生信
2025-11-24
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导读:重磅新发现!单细胞揭秘“三阴性乳腺癌”的隐藏“促血管利基”,揭示巨噬细胞如何悄悄帮肿瘤长血管!

“三阴性乳腺癌(TNBC最难治的乳腺癌”,已经是行业共识。但为什么TNBC如此容易进展、易转移、难免疫?答案可能藏在一个被忽视的地方——髓系细胞(尤其是巨噬细胞)构成的“促血管微环境”!

今天小编带来的是一篇发表在Experimental & Molecular MedicineIF=12.9)的重量级论文:《Single-cell transcriptomics of the myeloid milieu reveals an angiogenic niche in triple-negative breast cancer》。该研究通过单细胞测序深度解析TNBC的髓系细胞生态,竟然揭示了一个从未被定义过的“促血管利基(angiogenic niche)”。这个利基由特定亚群的巨噬细胞与内皮细胞共同构建,能够大幅增强肿瘤血管生成,是TNBC治疗失败的重要原因。一句话——肿瘤并不是自己长血管,而是髓系细胞在“帮它造血管”!

亮点一:找到隐藏的帮凶”——一个此前从未被定义的促血管巨噬细胞亚群

文章通过scRNA-seq识别到一个以VEGFA/LYVE1⁺为特征的巨噬细胞亚型,它们直接驱动血管生成,为TNBC创造“高速通道”,让肿瘤长得更快,也更容易扩散。

  亮点二:不仅是发现细胞,更构建了巨噬细胞 → 血管 → 肿瘤的完整信号轴

该研究利用单细胞、空间转录组、细胞互作分析、体内模型等多维度证据,构建了一个完整机制:髓系细胞重编程VEGF信号增强→血管异常增生→肿瘤加速进展。直接为抗血管治疗、免疫治疗提供新靶点。

Highlights

1、构建TNBC肿瘤髓系微环境的高分辨率单细胞图谱

2、发现新的促血管巨噬细胞亚群(VEGFA⁺/LYVE1⁺ TAMs

3、通过空间转录组解析TAM–内皮细胞空间耦联

4、重构促血管信号网络(VEGFANGPTMMP 通路)

5、证明去除该亚群可减少血管生成并抑制肿瘤增长

6、提出髓系血管轴作为TNBC治疗新靶点

背景介绍

三阴性乳腺癌(TNBC)缺乏ER/PR/HER2表达,是乳腺癌中最具侵袭性的亚型,其治疗手段有限、化疗耐药性强、复发率高。大量研究揭示TNBC的肿瘤微环境(TME)中髓系细胞(如肿瘤相关巨噬细胞TAMs)占比极高,且具有显著的免疫抑制作用。但一个长期被忽视的问题是:髓系细胞是否仅仅在抑制免疫?还是在主动促进肿瘤生长?研究首次利用单细胞和空间组学技术,深入解析TNBC的髓系细胞生态,在细胞类型、分子调控、细胞通讯、空间位置等多个维度描绘了完整图谱,并揭示巨噬细胞在促进TNBC血管生成中的核心作用,为理解TNBC的侵袭性来源提供了全新视角。

主要研究结果

(一)TNBC特异的髓系细胞特征及其细胞组成图谱

为探索TNBC与非TNBC在肿瘤微环境中的差异,研究利用TCGA-BRCA数据库的bulk RNA-seq结果对116TNBC875例非TNBC进行比较。PCA显示TNBC与非TNBC在整体表达模式上显著分离(Fig. 1a),且前两个主成分富含髓系功能相关基因(Supplementary Fig. 1a, b)。差异表达基因(DEGs)经 GO 分析后进一步揭示:TNBC显著富集髓系细胞相关通路(Fig. 1b)。随后,基于scRNA-seq参考数据的BisqueRNA去卷积分析表明,与其他免疫细胞类型相比,髓系细胞在TNBC中的丰度最高(Fig. 1c)。结合既往髓系细胞与乳腺癌差预后相关的证据,这一结果凸显了髓系细胞在TNBC中的核心地位。

为更系统刻画TNBC的髓系细胞结构,研究从手术切除的TNBC组织中分离髓系细胞并进行scRNA-seqFig. 1d),同时整合了Wu等人和Zhang等人的公开TNBC髓系数据(Fig. 1d, Supplementary Fig. 1c)。基于经典标记基因与PanglaoDB基因评分(Supplementary Fig. 1d, e; Supplementary Table 2)对细胞进行注释后,最终获得24,217个高质量髓系细胞。UMAP与热图显示TNBC的髓系图谱主要包含四大核心细胞类型:单核细胞/巨噬细胞、中性粒细胞、经典树突状细胞(DCs)、浆细胞样树突状细胞(pDCs)(Fig. 1e, f)。这一系统性的分析不仅揭示TNBC相较于非TNBC的显著髓系细胞富集特征,也为进一步研究TNBC的免疫微环境和潜在治疗靶点奠定基础。

(二)肿瘤内中性粒细胞的发育轨迹与功能异质性

研究通过对TNBC 肿瘤组织中的中性粒细胞进行细分分析,揭示了其在发育阶段与功能上的显著异质性。共鉴定出 九类肿瘤内中性粒细胞亚型(Fig. 2a,b; Supplementary Fig. 2a,b)。由于中性粒细胞在组织内不再增殖,这些亚型的多样性主要来自肿瘤微环境驱动的再编程过程。所有亚型均未表达前体标记基因,证实其在进入肿瘤后即为成熟状态(Supplementary Fig. 2c)。为揭示其再编程路径,研究以生理/循环相关基因为“早期”标记,以肿瘤相关基因为“晚期”标记(Supplementary Table 4),并构建早–晚发育得分。结果显示:S100A12⁺、CXCR1⁺ 和 CXCR2⁺ IFIT3⁺ 为早期亚型,而 VEGFA⁺、CCL3⁺ IFIT3⁻、CCL3⁺ IFIT3⁺ 与 CD74⁺ 为晚期亚型(Fig. 2c)。进一步利用 diffusion mapslingshotscTour 与 Monocle 3 构建发育轨迹后发现,早期 S100A12⁺ 亚型位于轨迹起点(Fig. 2d,e),其高表达 MMP9 与 SELL,提示其具备迁移/浸润特性(Supplementary Fig. 2e)。轨迹随后分化为两条晚期路径,分别指向 CCL3hi IFIT3lo 与 CD74hi 亚型(Fig. 2d),且 CXCR2/CXCR4 表达趋势基本与该发育轨迹一致(Fig. 2c)。功能分析(GSVA 与关键基因表达)显示:早期亚型:吞噬活性更强、粒细胞颗粒相关通路显著富集;晚期 VEGFA⁺ 与 CCL3⁺ 系列亚型:高表达促炎与趋化因子基因,具有更强的炎症与趋化功能;VEGFA⁺ 亚型:血管生成通路显著增强,与 VEGFA 高表达一致(Fig. 2f,g)。其中最具独特性的为相对稀有的 CD74hi 中性粒细胞。尽管被归类为晚期亚型,其并不富集炎症或血管生成信号,反而展现出增强的抗原处理与呈递功能(Fig. 2f,g)。其高表达抗原呈递相关基因(Supplementary Fig. 3a,b),GSEA 亦进一步支持其呈递能力(Supplementary Fig. 3c)。尽管呈递能力弱于肿瘤内 DCSupplementary Fig. 3e),但仍显示出非典型的“类 APC 特征”。与 pan-cancer 中性粒细胞图谱比较后,CD74hi 亚型与 Wu 等人报道的 HLA-DR⁺ CD74⁺ 亚群高度一致(Supplementary Fig. 3f)。

综上,TNBC 肿瘤内中性粒细胞呈现高度异质性,包含从早期迁移型到晚期炎症型乃至具抗原呈递能力的特殊亚型,提示其在 TNBC 免疫微环境中承担多重功能,为未来治疗靶点提供重要启示。

(三)肿瘤内单核细胞/巨噬细胞的谱系异质性与功能重塑

研究进一步揭示了TNBC 肿瘤微环境中单核细胞与巨噬细胞的显著异质性与谱系重塑(Fig. 3ag)。在 24,000 余个肿瘤内髓系细胞中,共识别出 类单核细胞与 类巨噬细胞亚型,其中大部分巨噬细胞呈现较高的“分化得分”,唯独 SPP1⁺ 巨噬细胞明显偏离传统分化轨迹(Fig. 3c)。在起源方面,LYVE1⁺ 与 CD163⁺ 巨噬细胞表现出典型组织驻留巨噬细胞(TRM)特征(Supplementary Fig. 4b),其余巨噬细胞则来自肿瘤浸润的单核细胞。轨迹分析显示,VCAN⁺ 单核细胞位于分化起点,并向两条独立谱系分化:一条是“经典谱系”,经 IL1B⁺、CXCL10⁺、CCL3⁺ 巨噬细胞,主要富集炎症与干扰素应答通路;另一条是“SPP1 谱系”,由 VCAN⁺ 单核细胞分化为 SPP1⁺ 单核细胞,再进入 SPP1⁺ 巨噬细胞阶段,呈现强烈的代谢应激、缺氧及脂肪酸代谢等特征(Fig. 3df)。功能分析进一步显示,肿瘤巨噬细胞在炎症放大、抗原呈递、缺氧适应及血管生成等方面承担多种角色:CXCL10⁺ 与 CCL3⁺ 巨噬细胞炎症通路活跃,CCL3⁺ 与 CD163⁺ 巨噬细胞强化抗原处理与呈递,而 SPP1⁺ 巨噬细胞则抑制炎症呈递,而高度激活 HIF 与肿瘤血管生成相关通路(Fig. 3g)。值得注意的是,多个巨噬细胞亚型共表达传统的 M1/M2 标志基因(Supplementary Fig. 4e),提示肿瘤内巨噬细胞并非简单二元划分,而是呈现连续、可塑的功能谱系。与正常乳腺组织对比后发现,虽然 TNBC 巨噬细胞与正常巨噬细胞在转录层面高度相关(Supplementary Fig. 4g),但 SPP1⁺ 巨噬细胞在肿瘤内具有显著增强的血管生成能力(Supplementary Fig. 4h),说明其受到肿瘤微环境强烈重塑。生存分析显示,SPP1⁺ 巨噬细胞高表达显著提示更差的总体生存(Fig. 3h),表明这一处于代谢应激状态的巨噬细胞亚群具有明显促肿瘤效应,可能成为 TNBC 中重要的治疗靶点。

(四)SPP1⁺巨噬细胞的缺氧生态位与肿瘤互作网络揭示

进一步结合空间转录组(10x Visium)分析后,研究揭示了 SPP1⁺ 巨噬细胞在 TNBC 中具备独特的空间生态位特征。首先,通过 cell2location 对 43 张 TNBC 切片进行空间解卷积(Fig. 4a),可见不同患者及不同切片中巨噬细胞亚型比例差异明显(Fig. 4b)。经典谱系巨噬细胞(CXCL10⁺、IL1B⁺、CCL3⁺)与组织驻留巨噬细胞 LYVE1⁺、CD163⁺ 紧密共定位,而 SPP1⁺ 巨噬细胞却几乎不与这两类群体共现(Fig. 4c),提示其占据独立、功能高度特化的空间位置。进一步的空间富集分析显示,SPP1⁺ 巨噬细胞显著集中于肿瘤细胞密集区,并与代谢应激(脂肪生成、胆固醇稳态等)信号高度共定位,构成典型的肿瘤缺氧微域(Fig. 4df)。为评估其与癌细胞的相互作用,研究使用 CellChat 进行配体–受体分析(Fig. 4gh),结果显示 SPP1⁺ 巨噬细胞与肿瘤细胞之间的通讯强度显著高于其他亚型,其中 MIFCD44 轴为最强互作路径,且两者均在缺氧区域高度富集(Fig. 4i),说明 SPP1⁺ 巨噬细胞不仅被缺氧微环境所吸引,也 actively 参与塑造这一促肿瘤生态位。与之形成鲜明对比的是,经典谱系巨噬细胞与 TRMs 更倾向于围绕血管区域聚集(Supplementary Fig. 5bc),推测其中的 LYVE1⁺ 巨噬细胞对应于 TIM4⁺ 近血管巨噬细胞,能够分泌 PDGF-CC 作用于 PDGFRA⁺ 的基质细胞,进一步促进血管生成(Supplementary Fig. 5de)。综上所述,空间转录组证据表明:SPP1⁺ 巨噬细胞主要栖居于缺氧肿瘤核心区,与癌细胞形成紧密的代谢–信号互作网络;而其他巨噬细胞亚型则围绕血管建立免疫与修复相关微域,两类生态位在 TNBC 免疫微环境中呈现显著分工与互补性。

(五)SPP1⁺巨噬细胞与VEGFA⁺中性粒细胞共同构建促血管生成生态位

研究进一步揭示,在TNBC 微环境中,SPP1⁺ 巨噬细胞不仅位于明显的缺氧区域,还与血管生成关键细胞高度共定位,形成高度活跃的“促血管生成生态位”。空间转录组分析(Visium)和 cell2location 显示,SPP1⁺ 巨噬细胞与肿瘤细胞紧密分布于同一缺氧区域,并表现出与其他巨噬细胞亚群截然不同的空间特征:它们并不沿既有血管分布(不与动脉、静脉或一般毛细血管标记物共定位),而是专一性地聚集在 APLN 高表达的毛细血管 tip cells 附近(APLNhi tip cells)(Fig. 5ac),这是典型新生血管萌芽点的标志。

值得注意的是,SPP1⁺ 巨噬细胞与 VEGFA 高表达的中性粒细胞(VEGFAhi neutrophils)共同聚集于这些新生血管区域,两者都与 APLNhi tip cells 形成显著的互作网络。CellChat 分析揭示 SPP1⁺ 巨噬细胞与 tip cells 之间具有强烈的配体–受体互作,其中最突出的是 SPP1⁺ 巨噬细胞分泌的血管舒张肽 ADM 与 tip cells 表达的 CALCRLRAMP2/3 复合受体之间的信号通路(Fig. 5df)。ADM 被认为可促使肿瘤血管不稳定化,加速异常血管形成。此外,VEGFAhi 中性粒细胞则通过强 VEGF 信号进一步推动 tip cells 的活化和血管生长。更早的谱系分析显示,这两个亚群的前体——SPP1hi 单核细胞和 PDE4BhiIL1R2hi 中性粒细胞——也在这些区域共定位(Supplementary Fig. 6c,d),进一步支持了局部微环境塑造细胞命运的观点。

体外实验验证了这一模型:在缺氧条件下,无论是THP-1 衍生的巨噬细胞还是 HL-60N 中性粒细胞,都显著上调 SPP1ADM 与 VEGFAFig. 5hi),与体内转录组模式一致。调控网络分析(pySCENIC)进一步揭示,在 SPP1⁺ 巨噬细胞、VEGFAhi 中性粒细胞及其所在的区域集群中,共同活跃的关键转录因子为 ATF4 与 RUNX3,其中 ATF4 的特异性更高(Fig. 5j)。ATF4 是代谢压力(尤其是缺氧)诱导的核心调控因子,已知能够驱动 VEGFAADM 和 SPP1 的表达(Supplementary Fig. 7i)。因此,研究提出在缺氧驱动下 ATF4 被共同激活,从而在两类髓系细胞中诱导强烈的促血管生成功能,与 APLNhi tip cells 协同构建一个高度活跃的促血管生成生态位。多重免疫荧光(mIF)也在蛋白水平验证了该生态位的存在(Fig. 5g)。

(六)SPP1⁺巨噬细胞与VEGFA⁺中性粒细胞驱动的促血管生态位具有明确临床意义

研究进一步在多个独立TNBC 队列中验证了髓系细胞亚型的存在及其临床影响。利用 TCGA 与 METABRICn=1992)大队列的 bulk RNA-seq 数据,研究者通过 BisqueRNA 进行反卷积,成功检测到所有在单细胞图谱中定义的中性粒细胞、单核细胞与巨噬细胞亚型(Fig. 6a,b)。在 TCGA 中,SPP1⁺ 巨噬细胞富集的样本呈现显著更差的总体生存(OS)(Supplementary Fig. 8a,b)。在 METABRIC 中,基于单核/巨噬亚群相关性进行的层次聚类将患者分为七类,其中第 类显著富集 SPP1⁺ 巨噬细胞,且 OS 与无复发生存(RFS)最差(Fig. 6d,e)。进一步分析显示,若患者同时富集 SPP1⁺ 巨噬细胞与 VEGFA⁺ 中性粒细胞(即“血管生成生态位”双高),其生存显著差于单亚型升高或均不升高的患者(Supplementary Fig. 8c)。相反,CCL3⁺ 巨噬细胞富集的第 类患者则表现出相对更好的预后(Fig. 6d,e)。研究还通过 BayesPrism 重复验证,与 BisqueRNA 结果一致,进一步巩固了 SPP1⁺ 巨噬细胞作为不良预后标志物的结论(Supplementary Fig. 9b,c)。此外,通过对高 SPP1⁺ 巨噬细胞与 VEGFA⁺ 中性粒细胞患者的差异基因进行评分,同样观察到在 TCGA 中此类患者的预后显著恶化(Supplementary Fig. 9a)。总体而言,多队列、一致性证据明确指出,SPP1⁺ 巨噬细胞与 VEGFA⁺ 中性粒细胞构成的促血管生态位不仅在 TNBC 中稳固存在,而且具有显著的原癌与临床风险意义,可作为重要的预后亚型标志物。

(七)小鼠TNBC 模型重现 SPP1⁺ 巨噬细胞生态位并揭示其可被环磷酰胺靶向

研究最后探索了人类TNBC 中髓系亚型是否在小鼠 TNBC 模型中同样存在。通过向雌性小鼠乳腺脂肪垫注射 EO771 细胞建立正位移植 TNBC 模型,并在 33 天后对肿瘤 CD11b⁺ 髓系细胞进行 scRNA-seq,结果表明小鼠肿瘤中存在与人类 SPP1⁺ 巨噬细胞相对应的亚群(命名为 mMφ1)(Fig. 7acSupplementary Table 6),且其在糖酵解与低氧通路中显著富集(Fig. 7d),提示其功能与人类原癌 SPP1⁺ 巨噬细胞一致。为了增强跨物种一致性验证,研究进一步分析了公开的 EMT6 与 4T1 两种常用小鼠 TNBC 模型的 scRNA-seq 数据(Fig. 7eSupplementary Fig. 10a),结果显示三种模型均可重现人类 SPP1⁺ 巨噬细胞特征,且 EMT6 模型中的 mMφ具有极高的 SPP1hi Mφ 得分(Supplementary Fig. 10c),层次聚类更将小鼠 mMφ与人类 SPP1⁺ 巨噬细胞聚在同一分支(Fig. 7f)。与人类不同的是,小鼠模型中检测到更多非经典单核细胞(NCM),尤其在 EO771 中 mMono2 占比更高,而人类 TNBC 几乎不含该亚群。此外,在 4T1 与 EMT6 中,中性粒细胞数量更多,人类定义的中性粒细胞亚型也在两者中得到保持(Supplementary Fig. 10eh)。在药物干预实验中,环磷酰胺(C140)对肿瘤髓系环境具有显著调节作用:其提升单核细胞比例、并显著减少包括 SPP1⁺ 巨噬细胞同源亚群 mMφ在内的多种巨噬细胞亚型,而紫杉醇则呈弱趋势地增加 SPP1⁺ 巨噬细胞丰度(Fig. 7h),提示不同药物对促肿瘤髓系生态位影响不同。整体而言,小鼠 TNBC 模型在髓系组成与功能上高度模拟人类 TNBC,尤其是保留了关键的原癌型 SPP1⁺ 巨噬细胞亚群,从而为靶向该亚群的转化研究奠定了坚实基础。

总结

这项研究用上了当前最前沿的单细胞和空间组学技术,系统描绘了三阴性乳腺癌(TNBC)中髓系细胞的生态地图。研究团队特别发现了一类非常关键的SPP1⁺巨噬细胞,它们和 VEGFA⁺ 中性粒细胞一起扎堆在肿瘤内部的缺氧区域,和血管新生的尖端细胞APLN⁺ tip cells)紧密互动,形成了一个强力促肿瘤发展的血管生成生态位。这一结构不仅能推动肿瘤生长,还与更差的生存预后密切相关。更重要的是,这个促血管生成的生态位不仅在患者样本中存在,在常用的小鼠 TNBC 模型里也能被准确复现,并且对环磷酰胺(C140)特别敏感,为未来的靶向治疗提供了新的思路。

总的来说,这篇研究不仅补全了 TNBC 髓系免疫细胞的关键知识空白,还为临床治疗带来了可转化的新方向,意义非常亮眼。


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中科生信是一家专业从事生物技术服务的公司,提供生物医学领域的定制化数据分析服务。公司业务有:二代测序平台、数据库搭建技术、测序个性化分析平台、以及生信分析定制化服务!致力于为客户提供“一站式”科研服务。
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