Loupe Browser软件可在10x 官网下载，地址如下
https://www.10xgenomics.com/cn/support/software/loupe-browser/downloads，Loupe Browser 8.0.0及以上版本可应用于Visium HD。
启动Loupe Browser软件，点击Launch Visium Image Alignment，单击第三个选项， Visium HD Manual Alignment进行后续步骤。如果是V2版本，单击CytAssist Image-Microscope Image Alignment，后续步骤类似。
Image Alignment-Upload
images
上传Cytassist仪器拍摄的图像，点击Next；图像上传完成后，点击Next。
Image Alignment-Enter
slide information
Image Alignment-Identify
fiducials
找到基准框三个形状，依次单击中心位置，完成之后点击Next；点击Auto-refine，完成之后点击Next；如果这一步有想要分析的指定区域，则选择相应的bins；若是全部分析则点击Next即可。
Image Alignment-Upload
images
导入显微镜拍摄图像，点击Continue to Cytassist-Microscope image aligment，根据先前做的实验选择明场或是荧光，晶能提供的HE，则选择明场，点击Upload image上传图像，点击Next。
Image Alignment-Pin
landmarkers
选择两张图像上对应的5-8个landmarkers，点击Next。注意：图像上的点位置一定要完全对应。
Image Alignment-Assess
alignment quality
如果对于对齐方式不满意，请尝试“Auto-refine”来通过算法优化基于landmarker的对齐方式。如果图像明显翻转或旋转，请返回到上一步并重试确定landmarkers。如果对齐无误，可直接跳过，点击Next。
点击Export alignment JSON file，完成。
10x 方面有相应的数据提供在官网上，感兴趣的小伙伴可以下载试一试哦。
https://www.10xgenomics.com/datasets?query=HD&page=1&configure%5BhitsPerPage%5D=50&configure%5BmaxValuesPerFacet%5D=1000
