母乳喂养是有菌的喂养。一方面是指孩子在吸吮母亲乳房时会吸入皮肤上的细菌，这些细菌进入宝宝肠道，在繁殖的过程中消耗了肠道内的氧气，形成了缺氧的环境，为厌氧的益生菌准备好了定殖和繁殖的肠道环境；另一方面母乳中含有益生菌，比如双歧杆菌，这是妈妈早已储存在乳腺导管中，特意为宝宝准备好的益生菌，随着宝宝吃母乳的过程，这些益生菌到达结肠并迅速繁殖，建立起正常的肠道环境为宝宝的健康保驾护航。从这个层面来说，直接喂养要远远好于奶瓶的喂养。
吃母乳的孩子肠道中的益生菌以双歧杆菌为主，占其总菌群数的90%以上。可以有效的减少感染性疾病及过敏性疾病的发生，增强孩子的免疫保护。
益生菌是指对人体健康有促进作用的活性有益菌（如双歧杆菌），它们主要附着在肠粘膜上，可以保护肠道不受有害菌的侵袭，从而减少肠道疾病（腹泻、便秘等）；同时，不少人体所需的营养素（如维生素B等）是由它们在肠道内合成供我们使用的，它们还可以大大提高钙、铁、锌的吸收率；它们还有解毒和抗肿瘤的作用，所以益生菌是我们健康不可缺少的好帮手。
为什么益生菌有这样的预防作用呢？我们知道，宝宝出生时，免疫系统发育不成熟，像一座还没有修好的城墙，还不能很好地发挥抵御作用，相对容易发生感染和过敏，而益生菌可以帮助训练宝宝的免疫系统，加快它的成熟，使它坚固起来，从而可以预防感染和过敏的发生。
目前，益生菌已经被逐渐添加到婴儿的食物中，然而不是添加了益生菌的婴儿奶粉，就一定可以发挥预期的作用。这与添加的益生菌能不能保证活性和益生菌的菌株有很大关系。所以，选择益生菌类产品一定要看配方中的益生菌有无标明菌株号。
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