这是解决你吸附模拟所有疑惑的文章

所以在吸附建模之前，我们需要仔细确定模拟计算所选择的晶胞是否符合实验，通常称这种块状无真空层的晶胞为bulk模型。

对于同一晶体来说，其不同的晶面可能对应不同的原子排列方式及表面能，所以不同的晶面可能体现不同的物化性质。

计算选择的晶面通常来源于以下两个途径：

①XRD测试得到的最强衍射峰对应的晶面；

②同体系计算文章使用的晶面。

吸附模型中真空层的作用是将三维结构的bulk模型分割为互不影响的二维模型，避免表面与底层发生相互作用。

真空层并非越大越好，因为真空层增大代表晶胞在真空层方向的长度也在增大，从而导致收敛困难，所以真空层厚度的确定也需要进行收敛性测试，具体测试内容同基底厚度的确定一样放在下一篇文章中讲解。

为了进一步加快计算效率，并且模拟真实状态下的仅表面变形的状态，固定底层原子进行优化是个不错的选择。

先来认识一下vasp的输入文件POSCAR，以便更好的理解固定原子的设置，图中为TiO2晶胞对应的输入信息，每行内容代表的含义用蓝字标出。

固定原子时，我们需要在POSCAR中添加两项内容：

①在坐标类型上方单独添加一行Selective Dynamics；

②在每行坐标后添加三个T（固定）或者F（弛豫）。

三个方向分别代表X/Y/Z轴，T/F代表固定/弛豫。结果如下：

如果利用上述文件进行结构优化，此时Ti原子将被固定，而O原子正常弛豫。

同样地，利用相同的方法，我们可以实现对晶胞底层原子的固定，通过VESTA或MatCloud+等可视化软件知道底层最上端原子的Z轴坐标，以此为界限，Z轴坐标小于此值的原子都执行上述固定设置，这时底层原子就被固定好了。

值得一提的是，MatCloud+已经实现了这一复杂的操作，想要体验的同学点击下方传送门。《结构优化中不可不知的约束条件》