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吉因加GM-seq技术,助力科研样本甲基化检测

吉因加GM-seq技术,助力科研样本甲基化检测 吉因加科技
2023-04-10
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DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,是指DNA分子在DNA甲基转移酶的作用下将甲基选择性地添加到特定碱基上的过程。目前,DNA甲基化标志物已经成为最有应用前景的表观遗传标志物,其在肿瘤的筛查和早期诊断、微小残留病灶和复发监测、分子分型和预后判断、评估治疗效果、组织溯源、器官损伤等领域都展现出广阔的应用前景。近年来随着测序成本的不断下降及测序技术的迭代更新,DNA甲基化测序方法可选择性更多,但要真正很好地满足科研样本甲基化检测需求还存在诸多挑战。

基于此,吉因加以最新全基因组甲基化技术为基础,开发研究了一款针对低起始量多组学的甲基化新专利技术GM-seq(专利号:ZL202010774753.3)。2022年12月份吉因加就该技术发表了一篇关于从一份液体活检样本中同时鉴定DNA甲基化和遗传变异的技术文章。



文章主要内容


技术路线


工作原理

🔷 GM-seq核心技术:TET 酶将5mC 和 5hmC 氧化为5-羧基胞嘧啶(5caC),然后吡啶硼烷将5caC 还原为二氢尿嘧啶(DHU),随后的PCR 将 DHU 转换为胸腺嘧啶,完成5mC和5hmC的C-T 的转换;

🔷 WGBS采用亚硫酸氢盐处理,将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,同时保留5mC和/或5hmC的状态;
🔷 GM-Seq技术与传统Bisulfite技术相比,能降低DNA片断的损失。


GM-seq和WGBS的甲基化检测结果比较

🔷 与WGBS相比,GM-seq文库的插入大小略大,GM-seq文库的GC含量的偏倚性比WGBS少;

🔷 与WGBS相比,在相同的测序深度下,GM-seq能覆盖更多的CpG位点,对于NA12878的甲基化水平检测类似;

🔷GM-seq和WGBS的甲基化检测表现出高度相关性(R = 0.87)。


临床验证GM-seq的稳定性

🔷GM-seq和WGS对于SNP和Indel的检测都有较高的检出率;


🔷 在这8名患者中,GM-seq和WGS两种方法检测到的CNV高度一致;
🔷 GM-seq与WGS在SNP和Indel检测方面检出效果高度一致;



🔷 随机选择了10个癌症患者的血液样本来验证GM-seq识别CNV的能力,所有的患者都被GM-seq和WGS检测到高度相似的CNV。

通过以上内容可知,GM-seq文库的GC含量的偏倚性比WGBS少,同时在相同的测序深度下,GM-seq能覆盖更多的CpG位点,而GM-seq和WGS相比CNV、SNP和Indel检测性能相当。基于GM-seq出色的技术性能,再加上包含30多种器官组织/ 80余种细胞亚型/ 超16万个甲基化marker吉因加的特有数据库,相信其在未来甲基化研究方面将有广阔的应用前景。




关于吉因加科技服务

吉因加创立于2015年,是诞生于精准医疗大背景下的创新型高科技企业。公司坚持国产自主战略,以检测、制造和数据三大平台为载体,提供面向医学、科技、健康三大业务方向的基因检测产品与服务,实现从技术突破、学术引领、产品创新到市场领先的发展之路。

自2019年底以来,吉因加基于DNBSEQ-T7、Gene+系列国产测序平台和吉云数据分析平台,推出大型基因组测序项目服务,精心打磨NGS测算一体、单细胞、GM-Seq等核心产品,为科技服务领域500多所高校、科研院所、医院和企业提供全方位、多元化的组学数据服务,近3年产出数据多达10Pb,在科技服务领域形成了快捷、精准、可靠的品牌影响力。



【声明】内容源于网络
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吉因加科技
吉因加科技提供多组学测序与AI整合解决方案,聚焦于肿瘤、自免、脑科学及泛血管等复杂疾病领域,为临床科研转化与药物开发提供涵盖生物标志物与靶点从发现到验证的完整服务链条,致力成为生物医学创新研发的首选合作伙伴。
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