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【烈小冰讲堂】那些年,那些lncRNA,与那些miRNA,那些说不清楚的事儿~

【烈小冰讲堂】那些年,那些lncRNA,与那些miRNA,那些说不清楚的事儿~ 烈冰科技
2015-12-25
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导读:作为non-coding RNA家族的重要成员,lncRNA却始终被microRNA小兄弟的光芒掩盖,被



作为non-coding RNA家族的重要成员,lncRNA却始终被microRNA小兄弟的光芒掩盖,被忽视了很多很多年,只能一个人在角落静静舔着伤口。




直到2011Cell第一次提出lncRNA可以竞争性结合microRNA,形成ceRNA调控mRNA的表达,lncRNA才让大家眼前一亮,哇~居然还有这么神奇的功能!lncRNA一扫颓势,近几年显赫一时,真可谓是败也miRNA,成也miRNA~


看下面这图,就知道lncRNAmRNA是多么的恩爱,不惜用向我开炮的精神,把miRNA全都吸引到自己的身边,形成竞争性结合,充当了mRNA的护花使者。




基因组中普遍存在的假基因都或多或少当了护花使者,保护了mRNA。而有一些,研究众多的lncRNA,如HOTAIRMALAT1也都是护花使者。这种竞争,我们称之为,ceRNACompetingEndogenous RNA),又被称为miRNA Sponges。


那么我们究竟该怎么扒这一系列:lncRNAmiRNAmRNA,说不清却又不能不说的故事?就让烈小冰来帮您~


ncRNA此时作为ceRNACompeting Endogenous RNA),会竞争性结合miRNA,把他们吸附到lncRNA上,因此这种结合关系的计算就成为了分析miRNA-lncRNA的重点。这种时候靶基因预测算法,就有了用武之地了。可以采用Targetscanmirandadiana-toolRNAhybridRNA22Pictar等靶基因预测算法,就能知道哪条lncRNA绑架了哪条miRNA了。


那这条lncRNA绑架了miRNA有什么用?这个时候就到了我们分析miRNA的靶mRNA的时候了,得到靶基因就知道,lncRNA绑架的miRNA本来调控哪个mRNA,这些mRNA的功能和信号通路从属是什么?有没有和我的表型相关的?这就是所谓Host-Gene分析。


最后烈小冰把这些和表型相关的结果,整理成下面的网络,呈现给大家,V型的是lncRNA~



如果lncRNA是主公您的重点研究对象,如果主公您需要分析lncRNAmiRNA那些说不清楚的事,如果主公您还要挖掘lncRNA的其他信息,赶快拨打400-065-1811,烈小冰随时恭候您~


如果lncRNA是主公您的重点研究对象,如果主公您需要分析lncRNAmiRNA那些说不清楚的事,如果主公您还要挖掘lncRNA的其他信息,赶快拨打400-065-1811,烈小冰随时恭候您~


【声明】内容源于网络
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烈冰科技
不仅仅有高通量测序实验,深度定制化数据分析,更有功能全面易用,且经过每天分析300GB以上各类组学数据分析压力测试的云计算系统,借助NovelBrain®云计算平台发表的SCI已过百篇。
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烈冰科技 不仅仅有高通量测序实验,深度定制化数据分析,更有功能全面易用,且经过每天分析300GB以上各类组学数据分析压力测试的云计算系统,借助NovelBrain®云计算平台发表的SCI已过百篇。
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