购买方或销售方在开票系统中点击“发票管理”-“红字信息表”-“增值税专用发票红字信息表填开”，弹出开具红字发票信息选择页面，提供两种申请方式：购买方申请和销售方申请。
（1）购买方填开红字信息表。根据对应蓝字专用发票抵扣增值税销项税额情况，分已抵扣和未抵扣两种方式：选择已抵扣，不需要填写对应蓝字发票代码和发票号码，直接点击“下一步”。选择未抵扣，需填写蓝字发票代码和号码，选择发票填开日期，点击“下一步”，进入填开界面，购方信息自动带出不可修改，其他信息根据原蓝字发票进行填写，确认无误，点击“上传”。
（2）销售方申请：需填写蓝字发票代码和号码，选择发票填开日期，点击“下一步”，如果数据库中有对应蓝字发票，进入信息表填开界面时，系统会自动填写信息表信息，确认无误后，点击“上传”。
点击“上传”之后，红字发票信息表比对信息无误，系统将提示“审核通过”，点击“确认”，即可继续进行负数发票填开。
点击“发票管理”-“负数发票填开”-“增值税电子专用发票负数”在弹出的提示框中点击“确定”进入红字信息表在线查询页面，在“增值税专用发票红字信息表查询”中查询出待开具的负数增值税电子专用发票信息，在对应的红字发票信息表后点击“进入开具”，进行增值税电子专用负数发票开具。
