一是微生物的有无，生物有机肥内含有多种有益微生物，而有机肥经过高温处理，所有微生物基本被杀死．难以为土壤提供有益微生物。
二是养分不同。有机肥通过高温处理，养分受高温损失较多。
三是效果不同，有机肥只是通过热空气减少产品中的水分，没有经过腐热，直接使用容易烧根烧苗。
四是气味不同，有机肥通过干燥处理，除臭效果不理想，返潮即发出恶臭味，而生物有机肥可将尿酸变成菌体的尿蛋白，从根本上消除了臭味。
五有机质的差异，真正的有机肥及生物有机肥的有机质大多以腐植质分子链形式存在，而不是单一的碳元素、纯粹的木质素及纤维素等。
