单位员工是总公司委派过来的，由总公司代发工资，并且总公司代扣其工资的个人所得税。现子公司给予这些员工一些日常补助，且按月作为工资发放，那么我们公司该如何计算代扣代缴这部分工资的个人所得税？
之前跟地税局的专管员沟通，专管员给出的意见是不减3500，直接带入税率扣除，可近期这些员工接到地税局的通知，说是少缴了个税，而且还要交滞纳金。
那么该如何代扣我单位发的工资的个人所得税？具体有哪些政策可以参考或者有明确的说明？
专家回复：
目前，对于个人取得二处或二处以上工资、薪金所得个人所得税的处理，主要有如下文件的规定：
1、《个人所得税法》第八条规定：“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。”第三十九条规定：“在中国境内两处或者两处以上取得税法第二条第一项、第二项、第三项所得的，同项所得合并计算纳税。”
2、《个人所得税自行纳税申报办法》（国税发[2006]162号）第二条第（二）项规定：“从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，应当按照本办法的规定办理纳税申报。”第三条第二款规定：“本办法第二条第二项至第四项情形的纳税人，均应当按照本办法的规定，于取得所得后向主管税务机关办理纳税申报。”第十一条第（一）项规定：“从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。”
结合上述文件的规定，对两处取得工资、薪金所得的个人，应当按照规定选择并固定在任职、受雇的一地单位所在地主管税务机关自行办理纳税申报，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。
