5月1日后错开11%的运费发票且对方已经入账抵扣该如何处理？

问题描述：

请问专家，在5月1号后运费发票有的按11%，有的按10%税率开，对方都已经抵扣了，且我公司也按11%纳税了，这会有什么税务风险吗？

专家回复：

增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，应开具红字专用发票。

《中华人民共和国发票管理办法》　第二十二条　开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。　

第三十五条　违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：

　　（一）应当开具而未开具发票，或者未按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性开具发票，或者未加盖发票专用章的；

专家分析：

1、国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）规定：增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，应开具红字专用发票。

2、国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知（国税发〔2006〕156号）第二十五条第一款规定：“用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符(国家税务总局另有规定的除外)。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。”

增值税专用发票开具红字发票的申请流程分为三步：红字信息表填开、接收校验通过信息表、销售方开具红字发票。纳税人可以通过金税盘或税控盘两种开票系统进行申请操作。

购买方取得专票已抵扣情形：

购买方在增值税发票管理新系统中填开并上传《红字信息表》，在填开《红字信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。