补充氮肥，加快秸秆分解速度是秸秆还田中所面临的最严重的问题.这是因为秸秆含氮量低，碳氮比高达60：1，而秸秆分解最佳的碳氮比在25-30：1，故秸秆分解时微生物需要从土壤中吸收大量的氮，才能完成腐化分解过程。如不增施化学氮肥，微生物必然会与作物幼苗争夺土壤中速效氮，从而影响幼苗正常生长。
玉米收获后还田的秸秆，大约在每亩500-700公斤。也就是说，为了调整秸秆的碳氮比，需要在翻耕前撒施尿素25-30公斤或碳酸氢铵50-70公斤。这样做能加速秸秆分解，以小肥换大肥，以化肥换有机肥，具有改土肥地、增加产量的双重好处。秸秆还田可以杜绝秸秆焚烧所造成的大气污染，还能提高土壤有机质含量，秸秆腐熟剂功能细菌进入土壤后，使秸秆快速腐熟，固氮、解磷、解钾，增加土壤养分、提高化肥利用率。
