企业接受股东捐入的一笔款项1000万元，已到账，会计处理如下：
借：银行存款 1000万元
贷：资本公积 1000万元
政策：
国家税务总局公告2014年第29号《关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》：
二、企业接收股东划入资产的企业所得税处理
（一）企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。
（二）企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，应按公允价值计入收入总额，计算缴纳企业所得税，同时按公允价值确定该项资产的计税基础。
企业将账面上的资本公积1000万元，转增自然人股东的实收资本，会计处理如下：
借：资本公积 1000万元
贷：实收资本 1000万元
政策：
根据《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》(国税发〔2010〕54号)二、（二）1.加强股息、红利所得征收管理。加强企业转增注册资本和股本管理，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
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