2025年12月_生信入门_马拉松答疑笔记

        这期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。2026年1月5日就是最新一期的直播互动授课啦，有需要的朋友还可以上车：

• 生信入门&数据挖掘线上直播课2026年1月班 ，你的生物信息学入门课

前排提醒，下面是一个答疑示例。

【问题标签】这里是问题

这里是问题补充。

“

这里是解答。

【R包安装】我在运行BiocManager安装的时候总是报错

“

微信群公告网盘里有一个软件，Rtools，注意版本是45的，先安装一下，要安装在C盘默认路径，不要修改它，安装好了再重新运行这句代码：BiocManager::install('S4Vectors', type='source')

【R包安装】这是什么问题？

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提示这几个R包你已经安装过了，不用重复安装，继续后面的代码。

【R包安装】提示这个需要做什么？GSEABase包怎么下载？

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最后一个提示 GSEABase 安装失败，重新安装这个包：BiocManager::install("GSEABase")。提示信息没有关键词 error 或错误的，一般就不用管。

【R包安装】这种是不是不用管

“

提示信息没有关键词 error 或错误的，一般就不用管。

【R包安装】安装包的时候，提醒很多包需要更新，我们应该更新还是不更新？

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一般可不用更新。

【R包安装】请问这样好了吗？

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左下角回答一个 n。

【R包安装】他让我remove这个程序，但是我c盘根本就没有users这个文件夹

“

它自动 remove 的，BiocManager::install("org.Hs.eg.db") 安装这个包。

【R包安装】这个报错怎么解决？为什么安装了RSQLite，还会提示没有这个包？

“

BiocManager::install("xxx")

【R镜像设置】请问这里的镜像源为什么没有西湖大学的呢

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反正代码设置能用就行了。可以写入到配置文件中：file.edit("~/.Rprofile")，用这句代码打开配置文件，然后粘贴：options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))教程：https://mp.weixin.qq.com/s/28CqVIikC6rOF97HNFcb7g

【R报错】这个ggsurvplot函数报错，说是调色板bug问题，求指导

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重新安装一下这个函数所在的R包：BiocManager::install('survminer', type='source')。

【绘图设置】我做热图，首先确保表达矩阵按照分组信息排列，列也取消聚类，为什么出来的图还是乱的呢

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查看链接：https://mp.weixin.qq.com/s/gcnTEsCMI4m8mZWvBaGdiQ。列的顺序是乱的，光设置不聚类不好使。需要先排序，大概逻辑：Group2＝sort(Group)，exp2＝exp[,order(Group)]，然后拿两个新的数据去画图即可。

【数据类型】像这种用geo_download下载下来之后显示exp为空，没有基因表达量的，是不是就得从原始数据从头开始分析？

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这不是芯片数据。

【绘图设置】差异基因没限定范围有一千多个，是因为差异基因太多掩盖结果了吗？

“

你没有 scale＝row。

【网络问题】软件安装的时候卡死在这里很久很久了，是网络问题吗？

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网络问题，换个时间再试试就可以了，记得运行一下 conda clean -a。

【RStudio绘图面板】R-studio的Plots面板没有我的图了

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dev.off()，然后再画图。

【服务器限额】是因为用户磁盘配额限制，没办法解压这个文件吗？

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是的，参考基因组学会如何下载即可，不用真实下载，服务器有下载好的。

【服务器连接】服务器登不上是本地网络问题么？

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经过一对一检查，发现是单位网络限制太严格了，请联系单位网络部门解决。

【数据下载】我在ENA网站上下载样本信息文件的时候，不知道为啥没有双端的md5值数据？

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往右边拉。

【WGCNA分析】如果WGCNA最后得到的热图相关性低并且差异基因少只有几十个，还能继续做下去吗

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不能，相关性太低。重新选择一些基因（如 top3500 mad）。如果拯救不了就放弃这个数据了。

【RMarkdown】我使用RMarkDown之后就出现了报错，请问有什么解决办法嘛？

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1. 将文件夹换到清爽的位置（如D盘），避免路径中的杂乱字符。
2. 检查工作目录下是否有 time.rds 文件（Rmd 所在位置即工作目录，不可另设）。

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