阿米巴经营非常强调组织管理，为了实现阿米巴经营，需要构建相应的阿米巴组织。
随着企业规模的扩大，传统的职能型组织越来越不适应，突出表现为部门和部门之间的职责不清、扯皮不断，生产抱怨采购的材料质量不行或者供货不及时，销售抱怨生产产品的质量不行，生产抱怨销售不管什么客户什么样的订单都接，如此种种，官司不断，内耗严重。
为什么会这样呢？因为销售只顾拿订单完成合同额目标，好不好做出来那是生产的事情，反之生产部门当然希望采用优质原材料便利地把产品生产出来，客户的要求不应太苛刻，至于能否卖出去那是销售的事情。透析本质，核心是利己，而不是利他。
尽可能包括完整的业务链条，这里的“完整”，是指重新定义各个主体的责任，建立市场导向的内部客户体系，比如生产系统的客户是销售部门、供应商是采购部门，内部模拟市场化，这样每一个阿米巴都是具备供产销功能的利润中心。
经营管理系统不直接创造价值，在满足需要的前提下，越精简越好。企业发展初期，乃至于只有一个经营管理部，关键是各项管理功能要健全，随着企业的成长，可以逐步从一项功能裂变为一个部门。
经营管理系统不仅存在于集团总部，也存在于事业部和基层阿米巴内部，由此形成纵向一体化的系统。为此需要明确纵向的管控关系、指标关系、数据逻辑。
在京瓷的实践中，整个经营管理系统的费用按照一定的规则分摊到阿米巴中去，作为利润中心的阿米巴因为承担了经营管理系统的费用，因此也就对该系统的管理服务提出相应的要求，抑制了经营管理系统臃肿、官僚化的倾向。
阿米巴组织的设立不拘一格，可以是一个片区、一类客户、一种业务，也可以是一道工序等，核心是可以进行市场化的采购、生产和销售行为的模拟，由此企业中可能存在数千个阿米巴组织，它们彼此之间建立一种市场化的协作机制。
阿米巴组织的设立需要考虑阿米巴领导的情况，因人设组织与因事设组织相结合，教条式的因事设岗是不存在的。
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