位於香港口岸入境大堂的旅客預辦登機服務中心，與港珠澳大橋同日啟用。中心設有登記櫃檯及智能登記櫃檯，供旅客託運行李及領取登機證。預辦登機服務時間為上午 7 時至晚上 10 時 30 分，國泰航空、國泰港龍航空、香港航空及 HK Express 四家本地航空公司的旅客均可使用中心提供的預辦登機服務。
旅客在香港口岸預辦登機手續後，可按照自己的行程輕鬆前往香港國際機場或其他地方，並在目的地領取託運行李。選擇直接到機場辦理手續的旅客，亦可乘搭香港口岸的公共巴士。
在珠海口岸新設的預辦登機服務亦與港珠澳大橋同時啟用，而澳門口岸將於 2019 年第一季提供同類服務。經大橋前往香港國際機場的旅客，可於兩地口岸預辦登機手續及領取登機證；而選擇在香港國際機場辦理手續的旅客，亦可乘坐專用交通工具從珠海及澳門經香港口岸直接前往機場。
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