2025年中国足协青少年足球锦标赛会员协会男子U16组将进行小组赛和淘汰排位赛两阶段比赛。小组赛阶段共24支球队参赛，分为6个小组，每个小组4支参赛球队，均进行小组单循环比赛。
各小组第一名和两个小组成绩最好的第二名进入1-8名淘汰排位赛阶段，另外四支小组第二名和四个成绩最好的第三名进入9-16名淘汰排位赛阶段。
小组赛阶段比赛于2025年12月6日至10日在昆明赛区和玉溪赛区进行，淘汰赛阶段比赛于2025年12月12日至16日在昆明赛区和玉溪赛区进行。
2025年中国足协青少年足球锦标赛会员协会男子U16组的分组和赛程表如下：
（来源：中国足协青少年足球）
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