企业所得税的征收方式有两种：核定征收和查账征收。居民企业纳税人具有下列情形之一的，可以申请核定征收企业所得税：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用上述规定，下列行业企业不得申请核定征收：
（一）享受《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业（不包括仅享受《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定免税收入优惠政策的企业）；
（二）汇总纳税企业；
（三）上市公司；
（四）银行、信用社、小额贷款公司、保险公司、证券公司、期货公司、信托投资公司、金融资产管理公司、融资租赁公司、担保公司、财务公司、典当公司等金融企业；
（五）会计、审计、资产评估、税务、房地产估价、土地估价、工程造价、律师、价格鉴证、公证机构、基层法律服务机构、专利代理、商标代理以及其他经济鉴证类社会中介机构；
（六）专门从事股权（股票）投资业务的企业，不得核定征收企业所得税。
（七）国家税务总局规定的其他企业。
税务机关对核定征收企业所得税的纳税人，可以核定应税所得率或者核定应纳所得税额。具有下列情形之一的，核定其应税所得率：
（一）能正确核算（查实）收入总额，但不能正确核算（查实）成本费用总额的；
（二）能正确核算（查实）成本费用总额，但不能正确核算（查实）收入总额的；
（三）通过合理方法，能计算和推定纳税人收入总额或成本费用总额的。
纳税人不属于以上情形的，核定其应纳所得税额。
综上，税务机关采取核定征收是一种不提倡的征收方式，有部分情形是一种惩罚性的征收方式。但在实务中，基于公共关系的推动，核定征收是往往一种税收优惠方式，大多数有限公司都无法选择核定征收，都是以查账征收的方式缴纳企业所得税。
参考政策：
《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例
《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）
《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）
《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局2012年第27号公告）
