《东极岛》历时6年筹备，20余稿剧本修改，7个月拍摄。无论是华语影史最长时间70天的水戏拍摄，演员单日泡水最高达16小时，还是造巨轮，一比一复原80多年前的渔村，抑或是挑战世界级难度的水下实拍与海洋特效，后期耗时约7个月，涉及上千个特效镜头……
剧组在舟山普陀区东极镇的庙子湖岛和青浜岛实地搭景拍摄，并独创水下实拍技术呈现渔民海上作业场景。
导演费振翔曾表示，筹备阶段本来没有计划选择在东极岛拍摄。因为东极岛是个全岛，地理环境使得拍摄设备的运输非常困难，甚至基础成本都要翻上3-4倍。但当他第一次带着团队登岛采风，到达沉船位置附近时，感受到在这海底方圆大概一、两海里范围里，沉没着一艘承载着那么800多条生命的船骸——他们不管是被日本侵略者射杀，还是困在战俘舱里……都让人震撼。
在东极镇，费导看到了心目中一直想找的渔村的样子，看到了片中阿赑阿荡兄弟俩住的地方，去了真实历史里曾藏着三个英军的青浜岛“小孩洞”。那一刻的所有冲动和情绪，都坚定地告诉他，一定要在这座岛上拍。
路演现场，他表示拍摄时做了大量的调研工作，为复原当时渔民救人的渔船，找了很多船家，因为能按照原来那个年代纯手工造船的师傅已经非常少，这次留到电影里也是一个非常好的传承。此外，还有渔民的生活习俗，真正渔民出海的时候唱的船工号子，都用在了电影中。
导演管虎说起拍摄《东极岛》的缘起，他表示是因为中国人的谦逊，中国渔民救人的情怀，那份血性、担当与淳朴善良的本能，直至今日依旧流淌在中国人的血脉中。
“中国人在血性、担当这些风范之外，还有一种中国人特有的谦逊，这种谦逊就是救人不求回报。所以大多数渔民后代，我们采访的时候都不太爱说话。电影，它是可以普及到全国，普及到全世界，普及到很多观众。我觉得历史事实它是个真相，不能遗忘，更不能被扭曲和抹杀。我们有机会做这个电影，最重要的就是彰显真相和替不爱说话，谦逊的中国人把这些话说出来，并且一吐为快。”