1949年置南通市，通州初现雏形

古今的通州并不是同一概念，古代的通州相当于现在的南通。1724年，为有别于顺天府通州（今北京通县），通州改称南通州，1912年，改称南通县。

1949年，南通县实行城乡分治

真正意义上通州的城市规划始于1949年。

1949年2月2日，南通县全境解放后，划城区及港闸等地另置南通市，城乡分治。南通县政府移驻金沙镇，属南通专区（后改为地区）管辖。1983年实行市管县体制，属南通市管辖。

1949年10月，全县行政区划为12个区、159个乡。

1956年2月和1957年10月两次并区并乡后，全县为8个区47个乡，3个县属镇，2个区属镇。

1958年3月，撤销区建制，设通海、通中、通东、通北、通西5个片。1958年成立38个公社，实行政社合一，公社下设大队，大队下设生产队。

1961年9月，恢复8个区建制；

1966年增设十总区。

1982年全县有61个公社、5个县属镇。

1983年，政社分设，公社改为乡，大队改为村，生产队改为村民小组，年末，全县为9个区、5个县属镇，60个乡、1个海洋渔业公社。

1984年5月，实行镇管村体制，全县设14个镇、43个乡。之后部分乡先后改建为镇。

1987年2月，撤销区委、区公所，按原行政区域设9个区工委和指导组。

1991年1月，陈桥、幸福、秦灶、新开3乡1镇和小海镇的6个村划归南通市区后，县境面积为1637平方千米，人口145万余人。

1992年末，全县辖17个镇、32个乡、1个海洋渔港管理委员会，36个居委会、884个村。

1993年，撤县建市设立通州市

1993年2月，撤销南通县，设立县级通州市（1月8日民政部下发民行批[1993]4号批复同意）。取古代通州之名命名。

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1996年4月，撤销9个区工委、指导组，全市面积1640平方千米，人口146.3万。辖22镇27乡。市府驻金沙镇。2000年，将22个镇、27个乡撤并为25个镇、1个乡。2000年通州市常住总人口1371498人。

2001年，观音山、小海、竹行3镇划归南通

2001年4月，将观音山、小海、竹行3镇和市良种场、种畜场划归南通市区，通州市行政区域内的南通农场（省属）和东方红农场（省属）也划入南通市区范围。2002年末，通州市辖23个镇（金沙镇、三余镇、十总镇、四安镇、姜灶镇、石港镇、刘桥镇、平潮镇、骑岸镇、川港镇、二甲镇、北兴桥镇、张芝山镇、先锋镇、西亭镇、兴东镇、兴仁镇、新联镇、平东镇、五甲镇、五接镇、东社镇、海晏镇），3个办事处，376个行政村、52个社区，5个农场。2004年末，全市总人口127.14万人。

2001年，观音山、小海、竹行划归南通

2005年新设北兴桥、三门闸等五个社区

2005年，新设北兴桥、三门闸、五接、李港、海晏5个社区。2005年末，全市面积1351平方千米，人口126.25万人。辖23个镇，4个办事处，376个行政村、57个社区，5个农场。2006年，石港镇金庄村并入金庄社区，刘桥镇凤仙村并入刘桥社区，三余镇设立五甲苴社区。2006年末，通州市面积1351平方千米，人口125.64万人。辖23个镇：金沙镇、西亭镇、二甲镇、东社镇、三余镇、北兴桥镇、海晏镇、十总镇、骑岸镇、五甲镇、石港镇、四安镇、刘桥镇、新联镇、平潮镇、平东镇、五接镇、兴仁镇、兴东镇、张芝山镇、川港镇、先锋镇、姜灶镇；4个办事处，5个农场，374个行政村、58个社区。

2007年两镇合并，设立新的三余镇、刘桥镇

2007年，三余镇与海晏镇、北兴桥镇合并设立新的三余镇，刘桥镇与新联镇合并设立新的刘桥镇。区划调整后，通州市辖20个镇，分别是：金沙镇、西亭镇、二甲镇、三余镇、石港镇、十总镇、兴东镇、兴仁镇、平东镇、平潮镇、五接镇、四安镇、骑岸镇、姜灶镇、先锋镇、张芝山镇、川港镇、东社镇、五甲镇、刘桥镇。乡镇平均面积为67.55平方千米，平均人口为6.31万人。2007年末，全市面积1351平方千米，人口124.89万，其中农业人口82.12万人，非农业人口42.77万人。人口密度为每平方千米924人。辖20个镇和1个省级经济开发区，374个行政村、58个社区，5个农场，9023个村民小组。市政府设在金沙镇。

2008年设立川姜镇，通州市辖19镇

2008年1月4日，川港镇与姜灶镇合并设立川姜镇，原川港镇所辖川港居委会和志浩、志南、川北、川港、川南、荣兴、保障、斜桥、川西、启江、双桥、三合口12个村委会及原姜灶镇所辖姜灶居委会和磨框镇、义成、姜中、姜川、望海台、三圩埭、朝东圩、夏四店、大石桥、金普、双池头、复兴12个村委会归川姜镇管辖；原川港镇所辖八字桥、安东、南兴、大成、保通、通海、竖积洪、培德8个村委会划归张芝山镇管辖；原姜灶镇所辖董家埭、利民、周照港、正场、民平5个村委会划归先锋镇管辖。行政区划调整后，通州市辖19个镇，分别是：金沙镇、西亭镇、二甲镇、三余镇、石港镇、十总镇、兴东镇、兴仁镇、平东镇、平潮镇、五接镇、四安镇、骑岸镇、先锋镇、张芝山镇、川姜镇、东社镇、五甲镇、刘桥镇。乡镇平均面积为71.1平方千米，平均人口为6.57万人。2008年2-3月，各镇进行村居规模调整。

2009年撤销通州市，设立南通市通州区

2009年，国务院作出《关于同意江苏省调整南通市部分行政区划的批复》，江苏省人民政府下发了《关于撤销通州市设立南通市通州区的通知》。经国务院批准，撤销通州市，设立南通市通州区，以原通州市的行政区域为通州区的行政区域，区人民政府驻金沙镇。2009年末，通州区总面积1166平方千米、总人口124.16万人。

通州撤市设区

2015年再次大调整全区全区辖4个街道、12个镇

2015年，省政府（苏政复[2015]22号）批复同意调整通州区部分行政区划：撤销金沙镇、先锋镇、兴东镇，设立金沙街道、先锋街道、金新街道、兴东街道；撤销平潮镇、平东镇，设立新的平潮镇；撤销十总镇、骑岸镇，设立新的十总镇；撤销东社镇、五甲镇，设立新的东社镇；撤销兴仁镇、四安镇，设立新的兴仁镇（并将原四安镇九总渡、龙坝2个村委会划归西亭镇管辖）。